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SMRUCC.genomics.Visualize.SyntenyVisualize 1.0.9762.7562.
01 Namespaces
SMRUCC.genomics.Visualize.SyntenyVisualize
| Type | Summary | Members |
|---|---|---|
| AlignmentBlock | 代表一个单独的比对块。 | 12 |
| Bézier | 2 | |
| DeltaFile | 代表一个完整的 Delta 文件，包含文件头和所有比对块。 | 6 |
| DeltaHeader | 代表 Delta 文件的头部信息。 | 7 |
| DeviceModel | 10 | |
| DrawingModel | 绘制很多个基因组之间的共线性关系可视化 | 5 |
| GenomeBrief | The simple abstract of the genome drawing data. | 4 |
| Line | The drawing model abstract of the ortholog relationship.(直系同源的绘图模型) | 3 |
| LineStyles | The link line drawing style for the ortholog between the query and bbh hit. | 7 |
| ModelAPI | 3 | |
| NucmerDeltaParser | 用于解析 Nucmer Delta 文件的工具类。 | 3 |
| OrthologAPI | 直系同源的绘图数据模型 | 1 |
| Polyline | 2 | |
| StraightLine | A model for drawing a straight line. | 0 |
| SyntenyPlotterDemo | 1 | |
| SyntenyRegionExtensions | 1 | |
| Title | 由于这里是通过html来控制标题的显示格式的，所以在这里需要注意将文本里面的<起始转义为< | 1 |
SMRUCC.genomics.Visualize.SyntenyVisualize.ComparativeAlignment
| Type | Summary | Members |
|---|---|---|
| ComparativeAlignment | 4 | |
| DrawingModel | 一对多的共线性比对作图 | 2 |
| LargeGenomeComparing | 对于很大的基因组，则直接进行画点和划线来代替原来的orf箭头以及图层区域了 | 2 |
| Orthology | 2 |
SMRUCC.genomics.Visualize.SyntenyVisualize.ComparativeGenomics
| Type | Summary | Members |
|---|---|---|
| DrawingDevice | 4 | |
| DrawingModel | 比较两个基因组的差异的模型 | 1 |
| GeneLink | 两个基因组之间的相互共同的基因 | 7 |
| GeneObject | 7 | |
| GenomeModel | 4 | |
| ModelAPI | 4 | |
| ShellScriptAPI | 1 |
SMRUCC.genomics.Visualize.SyntenyVisualize.ModelAPI
| Type | Summary | Members |
|---|---|---|
| __colorHelper | 1 |
SMRUCC.genomics.Visualize.SyntenyVisualize.PanGenomeSynteny
| Type | Summary | Members |
|---|---|---|
| ColorPalette | 颜色调色板，定义图中所有元素的颜色。 内置多套预设方案，也可完全自定义。 | 19 |
| ConnectionStyle | 共线性连接线的绘制样式，可通过主题对象切换。 | 4 |
| Gene | 泛基因组中的基因对象。 orthology_family 字段用于在不同基因组间建立共线性桥梁。 | 6 |
| SyntenyPlotter | 基因组共线性主绘图器。 接收 Dictionary(Of String, Gene()) 形式的共线性数据， 根据 SyntenyTheme 主题配置渲染 PNG 图像。 | 6 |
| SyntenyTheme | 绘图主题对象，集中管理所有可视化参数。 通过修改此对象可实现连接线样式切换、配色方案切换等。 | 29 |