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API Docs / SMRUCC.genomics.Analysis.HTS.P-NET / ImportanceAnalyzer

ImportanceAnalyzer

Full name SMRUCC.genomics.Analysis.HTS.P_NET.ImportanceAnalyzer Assembly SMRUCC.genomics.Analysis.HTS.P-NET Members 5

跨样本聚合归因分数并对节点度做偏倚校正的解释分析器

00 Remarks

样本级 → 总分:对全部 n_s 个样本求绝对值之和,得到节点的总重要性 C_i,l = Σ_s |C_i,l^s|。 注意这是恒正的绝对量(衡量"该节点对结果的影响力大小"), 而节点本身的激活 a_i,l^s 是有符号的(衡量"该节点对某样本是推向耐药还是推向原发")。

图结构偏倚校正:一个通路节点若属于过多父通路(枢纽节点、过度注释), 会通过更多路径汇聚归因分数,导致其重要性被系统性高估。 论文给出的校正规则为:定义节点度 d_i,l = fan_in + fan_out, 令 μ、σ 为全体节点度的均值与标准差,则

adjusted C_i,l = C_i,l / d_i,l (当 d_i,l > μ + 5σ),否则保持不变。

注意这里只惩罚极端枢纽(度超过均值 5 个标准差的节点,按度等比例缩分), 普通节点不动 —— 这是一个温和的、只修剪分布长尾的校正, 避免把"真正重要且连接多的枢纽"(例如 TP53 通路)误伤。

01 Syntax

SMRUCC.genomics.Analysis.HTS.P_NET.ImportanceAnalyzer

02 Methods

NameOverloadsSummary
Analyze 1 对归因结果做跨样本聚合与偏倚校正
TopGenes 1 取得重要性排名最高的若干个基因(即基因层节点)
TopPathways 1 取得指定通路上重要性排名最高的若干个节点
TopAlterations 1 统计"基因 → 改变类型"的重要性,对应论文图 3 的 Sankey 图分析
PrintReport 1 生成可打印的解释报告

03 Members

method Analyze #

对归因结果做跨样本聚合与偏倚校正

Parameters
NameTypeDescription
resultDeepLIFTResult

DeepLIFT 归因结果

Returns

全部节点的解释结果列表,按照层下标与节点下标排列

method TopGenes #
TopGenes(IEnumerable(Of NodeImportance), Int32)

取得重要性排名最高的若干个基因(即基因层节点)

Parameters
NameTypeDescription
itemsIEnumerable(Of NodeImportance)

由 ImportanceAnalyzer.Analyze() 得到的节点解释结果

topNInt32

返回的数量

Returns

按照校正后分数降序排列的基因列表

method TopPathways #
TopPathways(IEnumerable(Of NodeImportance), Int32, Int32)

取得指定通路上重要性排名最高的若干个节点

Parameters
NameTypeDescription
itemsIEnumerable(Of NodeImportance)

由 ImportanceAnalyzer.Analyze() 得到的节点解释结果

layerIndexInt32

通路层下标,1 表示最精细的通路层

topNInt32

返回的数量

Returns

按照校正后分数降序排列的通路列表

method TopAlterations #
TopAlterations(DeepLIFTResult, Int32)

统计"基因 → 改变类型"的重要性,对应论文图 3 的 Sankey 图分析

Remarks

论文通过该分析揭示了改变类型与基因的对应关系: AR 主要由扩增驱动、TP53 主要由突变驱动、PTEN 主要由缺失驱动, 并且发现拷贝数变异比突变携带的信息量更大。

Parameters
NameTypeDescription
resultDeepLIFTResult

DeepLIFT 归因结果

topNInt32

返回的数量

Returns

按照归因分数绝对值之和降序排列的改变类型列表

method PrintReport #
PrintReport(DeepLIFTResult, Int32)

生成可打印的解释报告

Parameters
NameTypeDescription
resultDeepLIFTResult

DeepLIFT 归因结果

topNInt32

每一层输出的节点数量

Returns

多行报告文本