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API Docs / SMRUCC.genomics.Analysis.HTS.P-NET / NodeImportance

NodeImportance

Full name SMRUCC.genomics.Analysis.HTS.P_NET.NodeImportance Assembly SMRUCC.genomics.Analysis.HTS.P-NET Members 12

单个节点的解释结果

00 Remarks

这里同时保留了两类互补的信息:

  1. 重要性 NodeImportance.RawScore 与 NodeImportance.AdjustedScore: 跨样本聚合得到的恒正量,衡量"该节点对模型输出结果的影响力大小";
  2. 方向性 NodeImportance.ActivationDifference: tanh 激活值在两组样本之间的均值差异,衡量"该节点把样本往哪个方向推"。

二者解耦之后,模型才能同时回答"哪些节点重要"与"它们把样本往哪个方向起作用"这两个问题。

01 Syntax

SMRUCC.genomics.Analysis.HTS.P_NET.NodeImportance

02 Methods

NameOverloadsSummary
ToString 1 生成节点解释结果的单行文本

03 Properties

NameOverloadsSummary
LayerIndex 1 节点所在的网络层下标,0 表示基因层
LayerName 1 节点所在的网络层名称
NodeIndex 1 节点在该层之中的下标
NodeName 1 节点所对应的生物学实体名称(基因名或者通路名)
RawScore 1 未经偏倚校正的原始重要性分数 C_i,l = Σ_s |C_i,l^s
AdjustedScore 1 经过节点度归一化校正之后的重要性分数
Degree 1 节点的度(入度与出度之和)
MeanActivationNegative 1 该节点在阴性样本(原发性)上的平均激活值
MeanActivationPositive 1 该节点在阳性样本(转移性 / 耐药)上的平均激活值
ActivationDifference 1 两组样本之间的激活差异,等于 NodeImportance.MeanActivationPositive 减去 NodeImportance.MeanActivationNegative
MeanSignedContribution 1 节点贡献分数在所有样本上的平均值(有符号)

04 Members

method ToString #
ToString

生成节点解释结果的单行文本

Returns

描述文本

property LayerIndex #
LayerIndex

节点所在的网络层下标,0 表示基因层

Returns

层下标

property LayerName #
LayerName

节点所在的网络层名称

Returns

层名称

property NodeIndex #
NodeIndex

节点在该层之中的下标

Returns

节点下标

property NodeName #
NodeName

节点所对应的生物学实体名称(基因名或者通路名)

Returns

节点名称

property RawScore #
RawScore

未经偏倚校正的原始重要性分数 C_i,l = Σ_s |C_i,l^s|

Returns

恒正的重要性分数

property AdjustedScore #
AdjustedScore

经过节点度归一化校正之后的重要性分数

Returns

校正后的分数

property Degree #
Degree

节点的度(入度与出度之和)

Returns

节点度

property MeanActivationNegative #
MeanActivationNegative

该节点在阴性样本(原发性)上的平均激活值

Returns

平均激活值

property MeanActivationPositive #
MeanActivationPositive

该节点在阳性样本(转移性 / 耐药)上的平均激活值

Returns

平均激活值

property ActivationDifference #
ActivationDifference

两组样本之间的激活差异,等于 NodeImportance.MeanActivationPositive 减去 NodeImportance.MeanActivationNegative

Returns

激活差异,正数表示在阳性样本上激活更高

property MeanSignedContribution #
MeanSignedContribution

节点贡献分数在所有样本上的平均值(有符号)

Returns

平均有符号贡献