单个节点的解释结果
NodeImportance
00 Remarks
这里同时保留了两类互补的信息:
- 重要性 NodeImportance.RawScore 与 NodeImportance.AdjustedScore: 跨样本聚合得到的恒正量,衡量"该节点对模型输出结果的影响力大小";
- 方向性 NodeImportance.ActivationDifference: tanh 激活值在两组样本之间的均值差异,衡量"该节点把样本往哪个方向推"。
二者解耦之后,模型才能同时回答"哪些节点重要"与"它们把样本往哪个方向起作用"这两个问题。
01 Syntax
SMRUCC.genomics.Analysis.HTS.P_NET.NodeImportance
02 Methods
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| ToString | 1 | 生成节点解释结果的单行文本 |
03 Properties
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| LayerIndex | 1 | 节点所在的网络层下标,0 表示基因层 |
| LayerName | 1 | 节点所在的网络层名称 |
| NodeIndex | 1 | 节点在该层之中的下标 |
| NodeName | 1 | 节点所对应的生物学实体名称(基因名或者通路名) |
| RawScore | 1 | 未经偏倚校正的原始重要性分数 C_i,l = Σ_s |C_i,l^s |
| AdjustedScore | 1 | 经过节点度归一化校正之后的重要性分数 |
| Degree | 1 | 节点的度(入度与出度之和) |
| MeanActivationNegative | 1 | 该节点在阴性样本(原发性)上的平均激活值 |
| MeanActivationPositive | 1 | 该节点在阳性样本(转移性 / 耐药)上的平均激活值 |
| ActivationDifference | 1 | 两组样本之间的激活差异,等于 NodeImportance.MeanActivationPositive 减去 NodeImportance.MeanActivationNegative |
| MeanSignedContribution | 1 | 节点贡献分数在所有样本上的平均值(有符号) |
04 Members
ToString
生成节点解释结果的单行文本
Returns
描述文本
LayerIndex
节点所在的网络层下标,0 表示基因层
Returns
层下标
LayerName
节点所在的网络层名称
Returns
层名称
NodeIndex
节点在该层之中的下标
Returns
节点下标
NodeName
节点所对应的生物学实体名称(基因名或者通路名)
Returns
节点名称
RawScore
未经偏倚校正的原始重要性分数 C_i,l = Σ_s |C_i,l^s|
Returns
恒正的重要性分数
AdjustedScore
经过节点度归一化校正之后的重要性分数
Returns
校正后的分数
Degree
节点的度(入度与出度之和)
Returns
节点度
MeanActivationNegative
该节点在阴性样本(原发性)上的平均激活值
Returns
平均激活值
MeanActivationPositive
该节点在阳性样本(转移性 / 耐药)上的平均激活值
Returns
平均激活值
ActivationDifference
两组样本之间的激活差异,等于 NodeImportance.MeanActivationPositive 减去 NodeImportance.MeanActivationNegative
Returns
激活差异,正数表示在阳性样本上激活更高
MeanSignedContribution
节点贡献分数在所有样本上的平均值(有符号)
Returns
平均有符号贡献