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TargetFinder 小RNA靶标预测算法实现。
核心：将 miRNA 反向互补为正向 query，与候选 mRNA 做 Smith-Waterman 局部 比对，再从比对串中按 miRNA 5'→3' 逐位施加位置权重罚分，最后按四条规则过滤。 参考 siRNA.md 给出的 ssearch35 参数：-r +15/-10。
TargetFinder
01 Syntax
SMRUCC.genomics.Analysis.SequenceAlignment.siRNAHit.TargetFinder
02 Methods
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| Score | 1 | 对单条 miRNA 在整条 mRNA 上做位置加权罚分统计。 |
| ScoreByPosition | 1 | 由 HSP 的比对串构造位置加权罚分明细字符串，并统计总罚分。 位置权重按 miRNA 5'→3' 1-based 计数（由比对列经 RNASeqHelper.MirnaPosition()) 换算，因为 query 是 miRNA 的反向互补链）。 |
| ParsePenalty | 1 | 从 TargetFinder.ScoreByPosition()) 的明细串中解析总罚分（仅用于演示/调试）。 实际 scoring 走 TargetFinder.Score()) 内部的 penalty 计算。 |
| PositionWeight | 1 | miRNA 5'→3' 位置权重（1-based）。 |
| HasCenterMismatch | 1 | 切割位点（miRNA 第 10–11 位）是否存在错配 → 翻译抑制候选。 |
| PassFilter | 1 | 应用四条过滤规则：总错配≤7、严格错配≤4、G:U≤4、加权罚分≤cutoff，且长度达标。 |
| Run | 1 | 对一组候选 mRNA 执行预测，并额外进行 two-hits 掩蔽重搜 （get_additional：将已命中区域用 N 掩蔽后重搜额外靶位点）。 |
| MaskSite | 1 | 将 mRNA 上 [start,end]（1-based）区域掩蔽为 N，用于 two-hits 重搜。 |
| ToString | 1 |
03 Properties
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| ScoreCutoff | 1 | |
| MaxTotalMismatch | 1 | |
| MaxStrictMismatch | 1 | |
| MaxWobble | 1 | |
| MinHitLength | 1 |
04 Members
Score(
String, String)对单条 miRNA 在整条 mRNA 上做位置加权罚分统计。
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
mirna | String | miRNA 正向序列 |
mrna | String | mRNA 正向序列 |
ScoreByPosition(
String, LocalHSPMatch(Of Char))由 HSP 的比对串构造位置加权罚分明细字符串，并统计总罚分。 位置权重按 miRNA 5'→3' 1-based 计数（由比对列经 RNASeqHelper.MirnaPosition() 换算，因为 query 是 miRNA 的反向互补链）。
ParsePenalty(
String)从 TargetFinder.ScoreByPosition() 的明细串中解析总罚分（仅用于演示/调试）。 实际 scoring 走 TargetFinder.Score() 内部的 penalty 计算。
PositionWeight(
Int32)miRNA 5'→3' 位置权重（1-based）。
HasCenterMismatch(
String, LocalHSPMatch(Of Char))切割位点（miRNA 第 10–11 位）是否存在错配 → 翻译抑制候选。
PassFilter(siRNAHit)
应用四条过滤规则：总错配≤7、严格错配≤4、G:U≤4、加权罚分≤cutoff，且长度达标。
Run(
FastaSeq, IEnumerable(Of FastaSeq))对一组候选 mRNA 执行预测，并额外进行 two-hits 掩蔽重搜 （get_additional：将已命中区域用 N 掩蔽后重搜额外靶位点）。
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
mirna | FastaSeq | miRNA 序列对象（FASTA） |
targets | IEnumerable(Of FastaSeq) | 候选 mRNA 序列集合 |
MaskSite(
String, Int32, Int32)将 mRNA 上 [start,end]（1-based）区域掩蔽为 N，用于 two-hits 重搜。
ScoreCutoff
MaxTotalMismatch
MaxStrictMismatch
MaxWobble
MinHitLength
ToString()