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API Docs / SMRUCC.genomics.Analysis.SequenceAlignment

SMRUCC.genomics.Analysis.SequenceAlignment 1.0.9753.40023.

Namespaces 10 Types 56 Members 306

01 Namespaces

SMRUCC.genomics.Analysis.SequenceAlignment

TypeSummary Members
CDHashTask 序列的 min-hash 签名计算任务（并行） 6
CDHit 4
CDHitLSH CD-HIT 的并行 LSH 分桶索引 3
CDHitLSHBuckets LSH 分桶索引：可以按照 (序列下标, 波段) 来查询该序列所属的那个桶里面的全部序列 2
EValue 5
SimilarHit 6

SMRUCC.genomics.Analysis.SequenceAlignment.BestLocalAlignment

TypeSummary Members
Blosum Blosum-62 substitution matrix # A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A 4 -1 -2 -2 0 -1 -1 0 -2 -1 -1 -1 -1 -2 -1 1 0 -3 -2 0 R -1 5 0 -2 -3 1… 7
BlosumParser Parser for the NCBI blosum matrix file 2
CoreDump 3
Coverage 1
HSP matched high score aligned region in two sequence pairewise alignment result 2
Output Smith-Waterman 局部比对的完整输出结果。 7
SmithWaterman Smith-Waterman local alignment algorithm. 5

SMRUCC.genomics.Analysis.SequenceAlignment.DIAMOND

TypeSummary Members
BandHit 一次带状 SW 比对的结果(HSP),坐标均为全局 0-based。 7
BandSW 5
DiamondBlastp 8
DiamondHit 单条 DIAMOND 比对命中(m8 风格)。 18
DistributedScheduler 分布式调度骨架。重写 DistributedScheduler.DispatchCore()) 以接入真实集群。 5
HammingFilter 标量 Hamming 距离过滤器(48aa 窗口)。 6
HammingFilterSse SSE2 向量化 Hamming 距离过滤器(48aa 窗口),实现 IHammingFilter 接口。 6
HitScheduler 6
IDiamondScheduler 多查询调度边界。 queries: 查询序列数组。 subjectDb: 参考蛋白库(只读共享)。 perQuery: 对单条查询执行 DIAMOND 流水线并返回命中的函数(由 DiamondBlastp 提供)。 返回: 所有查询命中的聚合结果。 0
IHammingFilter 在种子命中周围窗口计算 Hamming 距离并判定是否通过的过滤器。 2
LeftMostSeedFilter 最左种子去冗余过滤器。跨形状累积已见过的种子命中,丢弃左侧已覆盖的冗余命中。 2
PairAlign 轻量单对单局部比对判定器,面向序列聚类分析(如 CD-HIT 风格的成对同源判定)。 6
ParallelScheduler 单机 PLINQ 并行调度器(默认多查询调度策略)。 2
QueryIndex 查询索引(临时,单条查询序列)与参考索引的哈希连接。 4
ReducedAlphabet 7
ReferenceIndex 参考库双索引:种子编码 -> 出现位置列表。 4
ScheduledHit 待调度候选(已通过全部前期过滤,带无空位延伸得分)。 5
SeedEncoder 3
SeedHitPosition 序列中一个种子命中的位置记录(相对序列内坐标)。 4
SeedPair 查询与参考配对后的一个种子命中(用于后续过滤链)。 3
SensitivityMode DIAMOND 灵敏度模式。本质是在种子数量与过滤严格度之间滑动。 8
SpacedSeed 间隔种子形状(位掩码 + 权重)。 7
SpacedSeeds 4
SubjectHit 参考序列中一个种子命中的位置。 4
UngappedExtension 3
UngappedExtensionAvx2 AVX2 向量化无空位延伸(批量 1 查询 × ≤32 参考 并行)。 6
UngappedHit 无空位延伸的结果。 5

SMRUCC.genomics.Analysis.SequenceAlignment.GlobalAlignment

TypeSummary Members
GapPenalty Class to implement linear and affine gap penalties Bioinformatics 1, WS 15/16 Jonas Ditz and Benjamin Schroeder 4
RunNeedlemanWunsch Application of the Needleman-Wunsch Algorithm Bioinformatics 1, WS 15/16 Dr. 2

SMRUCC.genomics.Analysis.SequenceAlignment.MSA

TypeSummary Members
MSAOutput the result data of multiple sequence alignment 6

SMRUCC.genomics.Analysis.SequenceAlignment.MSA.Tabular

TypeSummary Members
Stockholm Tabular MSA file Stockholm format is a Multiple sequence alignment format used by Pfam and Rfam to disseminate protein and RNA sequence alignments. 5

SMRUCC.genomics.Analysis.SequenceAlignment.siRNAHit

TypeSummary Members
BlastFilterMiRNATargets 通过ncbi blastn进行靶基因搜索加速 4
BlastnMapTable 19
DisabledAccessibility 默认关闭的 UPE 评估器：始终返回 0（不影响期望计算）。 1
IAccessibilityEvaluator psRNATarget 靶标可及性（UPE）评估接口，默认关闭（返回 0）。 如需基于 RNAup 计算解开能，可实现该接口后注入 psRNATarget。 1
Intersection psRNATarget 与 TargetFinder 两算法结果的交集合并器。 高置信靶标定义为：同一 (miRNA, 靶标 mRNA, 靶位点) 同时被两种算法命中。 由于两算法报告的坐标可能存在小幅偏移，采用 ±Intersection.SiteTolerance nt 的容差进行对齐。 5
psRNATarget psRNATarget 小RNA靶标预测算法实现。 采用反向互补比对：miRNA 经 RNA 反向互补后作为正向 query 与 mRNA 做 Smith-Waterman 局部比对，再依据位置加权罚分体系计算期望值（Expectation）。 期望值越低代表互补质量越好。 支持 V1（2011）/ V2（2017，默认）两套 Schema。 14
RNASeqHelper RNA 序列操作辅助工具：反向互补、碱基配对分类以及驱动 Smith-Waterman 比对所需的核酸专用 GenericSymbol 打分符号。 注：Bio.Assembly 的 NucleicAcid.Complement 仅处理 DNA（A/T/G/C），不识别 U， 因此这里单独实现 RNA（A/U/G/C）的反向互补。 9
siRNAHit 小RNA（miRNA/siRNA）与靶标 mRNA 的互补匹配命中结果模型。 两个算法（psRNATarget / TargetFinder）共用此结构，便于后续求交集。 14
TargetFinder TargetFinder 小RNA靶标预测算法实现。 核心：将 miRNA 反向互补为正向 query，与候选 mRNA 做 Smith-Waterman 局部 比对，再从比对串中按 miRNA 5'→3' 逐位施加位置权重罚分，最后按四条规则过滤。 参考 siRNA.md 给出的 ssearch35 参数：-r +15/-10。 14

SMRUCC.genomics.Analysis.SequenceAlignment.siRNAHit.BlastFilterMiRNATargets

TypeSummary Members
AlignmentScore 打分结果容器 5

SMRUCC.genomics.Analysis.SequenceAlignment.siRNAHit.psRNATarget

TypeSummary Members
Schema Schema 版本：V1 种子区 2–8，V2 种子区 2–13（默认）。 2

SMRUCC.genomics.Analysis.SequenceAlignment.siRNAHit.RNASeqHelper

TypeSummary Members
PairType 碱基配对类型分类 8