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DiamondBlastp
01 Syntax
SMRUCC.genomics.Analysis.SequenceAlignment.DIAMOND.DiamondBlastp
02 Methods
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| .ctor | 1 | 构造 DIAMOND blastp 比对器。 |
| Search | 2 | 对单条查询序列在参考库上执行 DIAMOND 风格 blastp 比对。 |
| SearchSingleCore | 1 | 单查询核心逻辑。多查询场景下复用按形状缓存的参考索引, 避免对每个查询重复建索引。 |
03 Fields
04 Members
#ctor(SensitivityMode,
Boolean)构造 DIAMOND blastp 比对器。
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
mode | SensitivityMode | 灵敏度模式,默认 Fast。 |
useSimd | Boolean | 是否启用 SIMD 向量化;运行时还会按 IsSupported 进一步判定。 |
Search(
FastaSeq, IEnumerable(Of FastaSeq), Int32)对单条查询序列在参考库上执行 DIAMOND 风格 blastp 比对。
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
query | FastaSeq | 查询蛋白序列。 |
subjectDb | IEnumerable(Of FastaSeq) | 参考蛋白库(序列集合)。 |
maxHits | Int32 | 最多返回的命中数(按得分降序),0 表示不限。 |
对多查询集合在参考库上执行 DIAMOND 风格 blastp 比对,支持并行/分布式调度。 参考索引按形状在查询集合间缓存复用;每个查询独立运行单查询流水线, 共享只读的参考索引、各自独立构建查询侧索引(线程安全)。
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
querySet | IEnumerable(Of FastaSeq) | 查询蛋白序列集合。 |
subjectDb | IEnumerable(Of FastaSeq) | 参考蛋白库(序列集合)。 |
scheduler | IDiamondScheduler | 调度器;为 Nothing 时使用默认并行调度 ParallelScheduler。 |
maxHitsPerQuery | Int32 | 每条查询最多返回的命中数(0 表示不限)。 |
SearchSingleCore(
FastaSeq, FastaSeq(), Dictionary(Of Int64, ReferenceIndex), Int32)单查询核心逻辑。多查询场景下复用按形状缓存的参考索引, 避免对每个查询重复建索引。
Mode
选择的灵敏度模式(决定间隔种子形状集)。
UseSimd
是否启用 SIMD 向量化(Hamming SSE2 / 无空位延伸 AVX2)。
Mode
UseSimd