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单条 DIAMOND 比对命中(m8 风格)。
DiamondHit
01 Syntax
SMRUCC.genomics.Analysis.SequenceAlignment.DIAMOND.DiamondHit
02 Methods
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| FromBandHit | 1 | 将 BandHit(0-based 全局坐标)转换为 1-based 的 DiamondHit。 |
| ToString | 1 |
03 Properties
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| QueryTitle | 1 | 查询序列标识。 |
| SubjectTitle | 1 | 参考(主题)序列标识。 |
| PercentIdentity | 1 | 百分比一致性 (0-100)。 |
| AlignmentLength | 1 | 比对长度(对齐列数)。 |
| Mismatches | 1 | 错配数。 |
| GapOpens | 1 | 缺口数。 |
| QueryStart | 1 | 查询起始 (1-based)。 |
| QueryEnd | 1 | 查询结束 (1-based, 含)。 |
| SubjectStart | 1 | 主题起始 (1-based)。 |
| SubjectEnd | 1 | 主题结束 (1-based, 含)。 |
| RawScore | 1 | 原始 SW 比对得分 (bits 之前的原始分)。 |
| BitScore | 1 | bit-score(本阶段用简易换算,后续可接入统计模型)。 |
| Evalue | 1 | e-value(本阶段为占位估算,后续接入 Karlin-Altschul 模型)。 |
| QueryFragment | 1 | 查询序列比对片段。 |
| SubjectFragment | 1 | 主题序列比对片段。 |
| Matches | 1 | 比对中的一致列数(内部计算用)。 |
04 Members
将 BandHit(0-based 全局坐标)转换为 1-based 的 DiamondHit。
QueryTitle
查询序列标识。
SubjectTitle
参考(主题)序列标识。
PercentIdentity
百分比一致性 (0-100)。
AlignmentLength
比对长度(对齐列数)。
Mismatches
错配数。
GapOpens
缺口数。
QueryStart
查询起始 (1-based)。
QueryEnd
查询结束 (1-based, 含)。
SubjectStart
主题起始 (1-based)。
SubjectEnd
主题结束 (1-based, 含)。
RawScore
原始 SW 比对得分 (bits 之前的原始分)。
BitScore
bit-score(本阶段用简易换算,后续可接入统计模型)。
Evalue
e-value(本阶段为占位估算,后续接入 Karlin-Altschul 模型)。
QueryFragment
查询序列比对片段。
SubjectFragment
主题序列比对片段。
Matches
比对中的一致列数(内部计算用)。
ToString()