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查询索引(临时,单条查询序列)与参考索引的哈希连接。
QueryIndex
01 Syntax
SMRUCC.genomics.Analysis.SequenceAlignment.DIAMOND.QueryIndex
02 Methods
03 Properties
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| Count | 1 | 查询索引中的总种子条目数(诊断用)。 |
04 Fields
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| table | 1 | 种子编码 -> 该编码在查询序列中出现的所有起始位置。 |
05 Members
Build(
String, SpacedSeed)为单条查询序列按给定形状构建临时索引。
HashJoin(ReferenceIndex)
与参考索引做哈希连接,返回所有种子配对。 以查询表驱动、在参考表中做线性查找配对,避免 BLAST 式逐词随机访存。
Count
查询索引中的总种子条目数(诊断用)。
table
种子编码 -> 该编码在查询序列中出现的所有起始位置。