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参考库双索引:种子编码 -> 出现位置列表。
ReferenceIndex
01 Syntax
SMRUCC.genomics.Analysis.SequenceAlignment.DIAMOND.ReferenceIndex
02 Methods
03 Properties
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| Count | 1 | 参考索引中的总种子条目数(诊断用)。 |
04 Fields
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| table | 1 | 种子编码 -> 该编码在参考库中出现的所有位置(跨序列聚合)。 |
05 Members
Build(
IList(Of String), SpacedSeed)构建参考库索引。对每条参考序列按给定形状枚举种子并登记。
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
subjects | IList(Of String) | 参考序列集合(原始蛋白序列字符串)。 |
seed | SpacedSeed | 当前处理的间隔种子形状。 |
Lookup(
Int64)查询一颗种子编码在参考库中命中的所有位置;未命中返回空列表。
Count
参考索引中的总种子条目数(诊断用)。
table
种子编码 -> 该编码在参考库中出现的所有位置(跨序列聚合)。