ReducedAlphabet

Full name SMRUCC.genomics.Analysis.SequenceAlignment.DIAMOND.ReducedAlphabet Assembly SMRUCC.genomics.Analysis.SequenceAlignment Members 7

01 Syntax

SMRUCC.genomics.Analysis.SequenceAlignment.DIAMOND.ReducedAlphabet

02 Methods

Name	Overloads	Summary
Map	1	将单个氨基酸字符映射到缩减类编号 (0..10)。非标准 / 未知字符返回 ReducedAlphabet.WildcardClass。大小写不敏感。
Encode	1	将整条蛋白序列编码为缩减类编号数组。

03 Fields

04 Members

method Map #

Map(Char)

将单个氨基酸字符映射到缩减类编号 (0..10)。非标准 / 未知字符返回 ReducedAlphabet.WildcardClass。大小写不敏感。

method Encode #

Encode(String)

将整条蛋白序列编码为缩减类编号数组。

field AlphabetSize #

AlphabetSize

缩减字母表大小(哈希基数)。

field WildcardClass #

WildcardClass

未知 / 非标准氨基酸映射到的缩减类编号(通配类)。

field classMap #

classMap

原始氨基酸 -> 缩减类编号的查找表。

field AlphabetSize overload 2 #

AlphabetSize

field WildcardClass overload 2 #

WildcardClass