Analysis

Full name SMRUCC.genomics.Analysis.SequenceTools.SequencePatterns.Topologically.Analysis Assembly SMRUCC.genomics.Analysis.SequenceTools.SequencePatterns Members 2

01 Syntax

SMRUCC.genomics.Analysis.SequenceTools.SequencePatterns.Topologically.Analysis

02 Methods

Name	Overloads	Summary
RepeatsDensity	1	通过计算每一个基因组上面的每一个位点的重复片段的出现频率来计算出每一个位点的重复片段的热度
Density	1

03 Members

method RepeatsDensity #

RepeatsDensity(FastaFile, Int32, Int32, Int32)

通过计算每一个基因组上面的每一个位点的重复片段的出现频率来计算出每一个位点的重复片段的热度

Parameters

Name	Type	Description
`Mla`	`FastaFile`	必须是经过多序列比对对齐的

method Density #

Density``1(String, Int32, String, Double)

Type Parameters

Name	Description
`TView`

Parameters

Name	Type	Description
`DIR`	`String`	-
`size`	`Int32`	-
`ref`	`String`	作为参考的原始数据之中的csv文件名
`cutoff`	`Double`	-