RepeatsSearchAPI

Full name SMRUCC.genomics.Analysis.SequenceTools.SequencePatterns.Topologically.RepeatsSearchAPI Assembly SMRUCC.genomics.Analysis.SequenceTools.SequencePatterns Members 4

01 Syntax

SMRUCC.genomics.Analysis.SequenceTools.SequencePatterns.Topologically.RepeatsSearchAPI

02 Methods

Name	Overloads	Summary
SearchRepeats	1
CreateRepeatLocis	1	请注意，这个函数是应用于生成最长的重复序列片段的方法，假若当前的序列片段在序列上已经没有重复出现了，则上一次迭代的序列可能为重复，所以Segment的长度减1的序列片段是会有重复的，故而会在函数之中将该目的片段缩短
Trim	1	原来的限定函数不起作用了？？可以使用这个函数进行剪裁，请注意剪裁是不可逆的，使用这个函数处理数据只能够收缩数据
BatchSearch	1	Batch search for the repeats and reversed repeats sequence feature sites.

03 Members

method SearchRepeats #

SearchRepeats(IPolymerSequenceModel, Int32, Int32, Int32)

Parameters

Name	Type	Description
`seq`	`IPolymerSequenceModel`	-
`Min`	`Int32`	The minimum length of the repeat sequence loci.
`Max`	`Int32`	The maximum length of the repeat sequence loci.
`minOccurs`	`Int32`	最少的重复出现次数为2，也可以将这个值设置得更高一些

method CreateRepeatLocis #

CreateRepeatLocis(String, String, Int32, Boolean)

请注意，这个函数是应用于生成最长的重复序列片段的方法，假若当前的序列片段在序列上已经没有重复出现了，则上一次迭代的序列可能为重复，所以Segment的长度减1的序列片段是会有重复的，故而会在函数之中将该目的片段缩短

Parameters

Name	Type	Description
`seq`	`String`	-
`Segment`	`String`	-

method Trim #

Trim``1(IEnumerable(Of ``0), Int32, Int32, Int32)

原来的限定函数不起作用了？？可以使用这个函数进行剪裁，请注意剪裁是不可逆的，使用这个函数处理数据只能够收缩数据

Type Parameters

Name	Description
`TRepeats`

Parameters

Name	Type	Description
`data`	IEnumerable(Of ``0)	-
`min`	`Int32`	-
`max`	`Int32`	-
`minappear`	`Int32`	-

method BatchSearch #

BatchSearch(FastaFile, Int32, Int32, Int32, String)

Batch search for the repeats and reversed repeats sequence feature sites. [RepeatsView](cref:T:SMRUCC.genomics.Analysis.SequenceTools.SequencePatterns.Topologically.RepeatsView) and [ReverseRepeatsView](cref:T:SMRUCC.genomics.Analysis.SequenceTools.SequencePatterns.Topologically.ReverseRepeatsView)

Parameters

Name	Type	Description
`Mla`	`FastaFile`	-
`Min`	`Int32`	-
`Max`	`Int32`	-
`MinAppeared`	`Int32`	-
`saveDIR`	`String`	-