Contig

Full name SMRUCC.genomics.SequenceModel.NucleotideModels.Contig Assembly SMRUCC.genomics.Core Members 7

a model for nucleotide sequence region on genomics sequence

00 Remarks

这个基础的模型对象只有在基因组上面的位置信息

01 Syntax

SMRUCC.genomics.SequenceModel.NucleotideModels.Contig

02 Methods

Name	Overloads	Summary
.ctor	1	这个构造函数已经使用NucleotideLocation.Copy()函数从数据源mappinglocation进行复制
GetRelatedUpstream	1	会同时将上游以及上游重叠的基因都找出来
ToString	1
GetRelatedGenes	1
GetsATGDist	1
op_Explicit	1

03 Properties

Name	Overloads	Summary
MappingLocation	1	在参考基因组上面的Mapping得到的位置，假若需要修改位置，假若害怕影响到原有的数据的话，则请复写这个属性然后使用复制的方法得到新的位点数据

04 Members

method .ctor #

这个构造函数已经使用NucleotideLocation.Copy()函数从数据源mappinglocation进行复制

Parameters

Name	Type	Description
`MappingLocation`	NucleotideLocation	-

method GetRelatedUpstream #

GetRelatedUpstream(PTT, Int32)

会同时将上游以及上游重叠的基因都找出来

Parameters

Name	Type	Description
`PTT`	PTT	-

property MappingLocation #

MappingLocation(Boolean)

在参考基因组上面的Mapping得到的位置，假若需要修改位置，假若害怕影响到原有的数据的话，则请复写这个属性然后使用复制的方法得到新的位点数据

method ToString #

ToString()

method GetRelatedGenes #

GetRelatedGenes(PTT, SegmentRelationships, Int32)

method GetsATGDist #

GetsATGDist(GeneBrief)

method op_Explicit #

op_Explicit(Contig)