nuget
The nucleotide sequence object.(核酸序列对象)
NucleicAcid
01 Syntax
SMRUCC.genomics.SequenceModel.NucleotideModels.NucleicAcid
02 Methods
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| ToArray | 1 | 序列的所以的碱基枚举的数组，可以看作为一个完整的序列 |
| Counts | 2 | |
| .ctor | 4 | |
| convertSequence | 1 | 检查序列的可用性 |
| RemoveInvalids | 1 | Removes the invalids characters in the nt sequence. |
| Split | 1 | 分割得到的小片段的长度 |
| GetSegment | 1 | Start和End的值都是数组的下标，在本函数之中已经自动为这两个参数+1了 |
| ReadSegment | 1 | Left的值是数组的下标，在本函数之中已经自动为这个参数+1了 |
| Complement | 2 | |
| GetReverseComplement | 1 | 获取DNA序列的反向互补序列。 |
| Canonical | 1 | 忽略反向互补（reverse complement） DNA 序列一般需要在两个链上比较，否则来自同一分子的正反链会被判定为不相似。 |
| Enums | 1 | |
| InvalidForNt | 1 | |
| CopyNT | 1 | |
| Replace | 1 | |
| Reverse | 1 | |
| CreateObject | 1 | |
| ToString | 2 | |
| op_Implicit | 1 | |
| op_Explicit | 1 |
03 Properties
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| UserTag | 1 | 用户定义的标签数据，有时候用于在不同的序列之间唯一的标记当前的这条序列 |
| SequenceData | 1 | 字符串形式的序列数据 |
| Tm | 1 | The melting temperature of P1 is Tm(P1), which is a reference temperature for a primer to perform annealing and known as the Wallace formula |
| GC | 1 | Calculate the GC content of the current sequence data. |
| Length | 1 |
04 Fields
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| _innerSeqCache | 1 | Cache data for maintaining the high performance on sequence operation. |
05 Members
ToArray
序列的所以的碱基枚举的数组，可以看作为一个完整的序列
计算某一种碱基在序列之中的出现频率
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
base | DNA() | 只允许 |
Returns
因为可能还存在简并碱基字符，所以在这里返回一个小数
#ctor(IPolymerSequenceModel)
Construct the nucleotide sequence from a nt sequence model interface IPolymerSequenceModel
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
SequenceData | IPolymerSequenceModel | - |
#ctor(
String)Construct the nucleotide sequence from a ATGC based sequence string. (从一个序列字符串之中创建一条核酸链分子对象)
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
SequenceData | String | This sequence data can be user input from the interface or sequence data from the FastaSeq object. |
#ctor(ISequenceModel)
Construct the nucleotide seuqnece form a nt sequence model object. The nt sequence object should inherits from the base class ISequenceModel
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
SequenceData | ISequenceModel | - |
#ctor(FastaSeq,
Boolean)Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
nt | FastaSeq | - |
strict | Boolean | 默认参数表示当核酸序列之中存在非法字符的时候会直接抛出错误 |
convertSequence(
String, Boolean)检查序列的可用性
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
seq | String | - |
RemoveInvalids(
String)Removes the invalids characters in the nt sequence. Invalids source is comes from TypeExtensions.AA_CHARS_ALL
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
nt | String | Case insensitive. |
Split(
Int32)分割得到的小片段的长度
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
segmentLen | Int32 | - |
GetSegment(
Int64, Int64)Start和End的值都是数组的下标，在本函数之中已经自动为这两个参数+1了
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
Start | Int64 | 位置的左端的开始位置 |
End | Int64 | 右端的结束位置 |
ReadSegment(
Int32, Int32)Left的值是数组的下标，在本函数之中已经自动为这个参数+1了
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
Length | Int32 | 片段的长度 |
Complement(
String)Gets the complement sequence of a nucleotide sequence.
Remarks
(获取某一条核酸序列的互补序列，但是新得到的序列并不会首尾反转， 请注意，这个函数所输入的DNA序列字符串必须是大写字母的)
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
DNAseq | String | The target dna nucleotide sequence to complement.(必须全部都是大写字母) |
GetReverseComplement(
String)获取DNA序列的反向互补序列。
Canonical(
String)忽略反向互补（reverse complement）
DNA 序列一般需要在两个链上比较，否则来自同一分子的正反链会被判定为不相似。
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
DNAseq | String | - |
UserTag
用户定义的标签数据，有时候用于在不同的序列之间唯一的标记当前的这条序列
SequenceData
字符串形式的序列数据
Tm
The melting temperature of P1 is Tm(P1), which is a reference temperature for a primer to perform annealing and known as the Wallace formula
GC
Calculate the GC content of the current sequence data.
_innerSeqCache
Cache data for maintaining the high performance on sequence operation.
Length
Counts(DNA)
Enums(
String)InvalidForNt(
String)CopyNT(
String)Replace(
String)Complement()
Reverse()
CreateObject(
String)ToString()
ToString(DNA)
op_Implicit(
String)op_Explicit(NucleicAcid)