Retrieve_IDmapping

Full name SMRUCC.genomics.Assembly.Uniprot.Web.Retrieve_IDmapping Assembly SMRUCC.genomics.Core Members 7

01 Syntax

SMRUCC.genomics.Assembly.Uniprot.Web.Retrieve_IDmapping

02 Methods

Name	Overloads	Summary
Mapping	1
MappingReader	1	读取从uniprot上面所下载下来的id mapping表
UniprotIDFilter	1
MappingsReader	1	与Retrieve_IDmapping.MappingReader())所不同的是，这个函数是读取一个文件夹之中的所有的 mapping table(.tsv, .tab)作为一个mapping数据的整体来使用的
SingleMappings	1	假若在mapping表之中不存在重复的基因编号的话，可以使用这个函数
GetMappingList	1	得到mapping的所有的基因编号
IDTypeParser	1

03 Members

method Mapping #

Mapping(IEnumerable(Of String), ID_types, ID_types, String, String, Formats)

Parameters

Name	Type	Description
`uploadQuery`	`IEnumerable(Of String)`	-
`from`	ID_types	-
`[to]`	ID_types	-
`save$`	`String`	这是一个文件名来的
`compress$`	`String`	假若这个参数为Retrieve_IDmapping.yes的话，下载的是一个`*.gz`格式的压缩文件
`format`	Formats	-

method MappingReader #

MappingReader(String)

读取从uniprot上面所下载下来的id mapping表

Remarks

可能每一行之中会存在多对多的情况，但是不需要担心，这个函数会自动处理这些非一对一的情况的

Parameters

Name	Type	Description
`path$`	`String`	-

method UniprotIDFilter #

UniprotIDFilter(Dictionary(Of String, String()), String)

Parameters

Name	Type	Description
`mappings`	`Dictionary(Of String, String())`	-
`initials`	`String`	Q开头的编号一般都是reviewed状态的蛋白数据

method MappingsReader #

MappingsReader(String)

与Retrieve_IDmapping.MappingReader()所不同的是，这个函数是读取一个文件夹之中的所有的 mapping table(*.tsv, *.tab)作为一个mapping数据的整体来使用的

Parameters

Name	Type	Description
`DIR$`	`String`	-

method SingleMappings #

SingleMappings(String)

假若在mapping表之中不存在重复的基因编号的话，可以使用这个函数

Remarks

其实这个函数就是直接读取行数据然后依据TAB符号进行分割之后写入字典之中

Parameters

Name	Type	Description
`path$`	`String`	-

method GetMappingList #

GetMappingList(String)

得到mapping的所有的基因编号

Parameters

Name	Type	Description
`path$`	`String`	-

method IDTypeParser #

IDTypeParser(String, ID_types)