nuget
Annotation
01 Syntax
SMRUCC.genomics.Data.Xfam.Pfam.Pipeline.LocalBlast.Annotation
02 Methods
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| ParserRaw | 1 | |
| AnnotatedFromHitsGroup | 1 | 从一组对相同的目标蛋白做的比较结果中进行结构域的注释 |
| trimOverlaps | 1 | 按照长度值将重叠的结构域清除掉，只留下大的结构域，因为在这之前都是经过阈值筛选了的，所以都是满足条件了的， 这里只选择比较大的结构域，但是这样子会有什么问题么？有重叠的时候在KEGG上面是首先显示出比较大的结构域的 |
| ApplyDomainFilter | 1 | Domain只是比对上query序列的一部分，所以不应该要求要覆盖全长，而是能够将hit本身给覆盖住就可以了 由于只是比对上一部分，所以identities不可能会很高，一般是在20%到60%之间， 也就是说identities可能在这里并不能作为一个判断的标准了，因为query序列越长，则identities则可能越低，但是那个domain还是可能能够… |
| doGroupingAndTrimOverlap | 1 | 分组并去掉重叠的数据，这个主要是针对Pfam-A的比对数据，对于CDD数据库可能没有什么用途 |
03 Fields
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| Evalue1En5 | 1 |
04 Members
ParserRaw(
Query, Double, Double, Double, Double)Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
query | Query | - |
evalue | Double | - |
coverage | Double | - |
identities | Double | 暂时无用 |
offset | Double | - |
AnnotatedFromHitsGroup(
IEnumerable(Of PfamHit), Double, Double, Double, Double)从一组对相同的目标蛋白做的比较结果中进行结构域的注释
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
hits | IEnumerable(Of PfamHit) | query都是相同的蛋白序列 |
trimOverlaps(
IEnumerable(Of DomainModel), Int32)按照长度值将重叠的结构域清除掉，只留下大的结构域，因为在这之前都是经过阈值筛选了的，所以都是满足条件了的， 这里只选择比较大的结构域，但是这样子会有什么问题么？有重叠的时候在KEGG上面是首先显示出比较大的结构域的
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
domains | IEnumerable(Of DomainModel) | - |
Domain只是比对上query序列的一部分，所以不应该要求要覆盖全长，而是能够将hit本身给覆盖住就可以了 由于只是比对上一部分，所以identities不可能会很高，一般是在20%到60%之间， 也就是说identities可能在这里并不能作为一个判断的标准了，因为query序列越长，则identities则可能越低，但是那个domain还是可能能够真实存在的
一般而言，gaps和evalue是成正比的，gaps值越大，则evalue越大，所以这里使用evalue就可以筛掉了
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
hit | PfamHit | - |
evalue | Double | - |
coverage | Double | - |
doGroupingAndTrimOverlap(
IEnumerable(Of DomainModel), Int32)分组并去掉重叠的数据，这个主要是针对Pfam-A的比对数据，对于CDD数据库可能没有什么用途
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
source | IEnumerable(Of DomainModel) | - |
lenOffset | Int32 | - |
Evalue1En5