内置的氨基酸经验替换模型(Dayhoff / JTT / WAG / LG)数据加载器。
AminoAcidModels
00 Remarks
速率矩阵数据以嵌入资源(embed resource)的形式存放于 Evolution/MaximumLikelihood/Models/Data/*.dat,其格式与 PAML 一致: 先是 190 个下三角交换率(按行主序,行 i 有 i 个元素),随后是 20 个平衡频率。 氨基酸顺序固定为 A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V(与 CharacterSet.Protein 一致)。
01 Syntax
SMRUCC.genomics.Interops.Visualize.Phylip.Evolution.MaximumLikelihood.AminoAcidModels
02 Methods
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| LoadRaw | 1 | 读取指定模型的对称交换率矩阵与平衡频率。 |
| ReadNumbers | 1 | 从嵌入资源读取指定文件的全部数值(最多 210 个:190 个速率 + 20 个频率)。 |
03 Fields
04 Members
LoadRaw(AminoAcidModel)
读取指定模型的对称交换率矩阵与平衡频率。
Returns
Exchangeability:20x20 的对称矩阵,对角线为 0; Pi:归一化之后的平衡频率(和为 1)。
ReadNumbers(
String)从嵌入资源读取指定文件的全部数值(最多 210 个:190 个速率 + 20 个频率)。
States
氨基酸状态数目(20)
RateCount
交换率矩阵的元素数目(20*19/2 = 190)
States
RateCount