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API Docs / SMRUCC.genomics.Interops.Visualize.Phylip / AminoAcidModels

AminoAcidModels

Full name SMRUCC.genomics.Interops.Visualize.Phylip.Evolution.MaximumLikelihood.AminoAcidModels Assembly SMRUCC.genomics.Interops.Visualize.Phylip Members 6

内置的氨基酸经验替换模型(Dayhoff / JTT / WAG / LG)数据加载器。

00 Remarks

速率矩阵数据以嵌入资源(embed resource)的形式存放于 Evolution/MaximumLikelihood/Models/Data/*.dat,其格式与 PAML 一致: 先是 190 个下三角交换率(按行主序,行 i 有 i 个元素),随后是 20 个平衡频率。 氨基酸顺序固定为 A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V(与 CharacterSet.Protein 一致)。

01 Syntax

SMRUCC.genomics.Interops.Visualize.Phylip.Evolution.MaximumLikelihood.AminoAcidModels

02 Methods

NameOverloadsSummary
LoadRaw 1 读取指定模型的对称交换率矩阵与平衡频率。
ReadNumbers 1 从嵌入资源读取指定文件的全部数值(最多 210 个:190 个速率 + 20 个频率)。

03 Fields

NameOverloadsSummary
States 2 氨基酸状态数目(20)
RateCount 2 交换率矩阵的元素数目(20*19/2 = 190)

04 Members

method LoadRaw #

读取指定模型的对称交换率矩阵与平衡频率。

Returns

Exchangeability:20x20 的对称矩阵,对角线为 0; Pi:归一化之后的平衡频率(和为 1)。

method ReadNumbers #
ReadNumbers(String)

从嵌入资源读取指定文件的全部数值(最多 210 个:190 个速率 + 20 个频率)。

field States #
States

氨基酸状态数目(20)

field RateCount #
RateCount

交换率矩阵的元素数目(20*19/2 = 190)

field States overload 2 #
States
field RateCount overload 2 #
RateCount