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API Docs / SMRUCC.genomics.Interops.Visualize.Phylip / FelsensteinPruning

FelsensteinPruning

Full name SMRUCC.genomics.Interops.Visualize.Phylip.Evolution.MaximumLikelihood.FelsensteinPruning Assembly SMRUCC.genomics.Interops.Visualize.Phylip Members 7

Felsenstein 剪枝（pruning / peeling）似然计算引擎。

00 Remarks

对每个位点：叶节点按观测状态赋指示向量，内部节点依据 L_u(i) = Π_children [ Σ_j P_ij(t) L_child(j) ] 自底向上计算， 根节点似然为 L = Σ_i π_i L_root(i)，全树对数似然为各位点对数似然之和。

实现上采用对数域缩放（Felsenstein scaling）：每计算完一个内部节点即用其最大分量归一， 并把缩放因子的对数累加，避免深树上的数值下溢。 当配置了离散 Gamma 速率时，位点似然为各速率类别似然的加权和。

01 Syntax

SMRUCC.genomics.Interops.Visualize.Phylip.Evolution.MaximumLikelihood.FelsensteinPruning

02 Methods

NameOverloadsSummary
LogLikelihood 1 计算整棵树在所有位点上的对数似然。
SiteLogLikelihoods 1 计算各个位点的对数似然（用于调试或诊断）。
LogLikelihoodSite 1 计算单个位点的对数似然（含离散 Gamma 速率类别的加权求和）。
PartialLikelihood 1 自底向上计算指定节点在给定位点、给定速率下的部分似然向量。
LogSumExp 1 对数空间下的 log-sum-exp，用于稳定地合并各速率类别的似然贡献。

03 Properties

NameOverloadsSummary
Model 1
Sites 1

04 Members

method LogLikelihood #
LogLikelihood(PhyloNode)

计算整棵树在所有位点上的对数似然。

method SiteLogLikelihoods #
SiteLogLikelihoods(PhyloNode)

计算各个位点的对数似然（用于调试或诊断）。

method LogLikelihoodSite #
LogLikelihoodSite(PhyloNode, Int32, Dictionary(Of Double, Double()()))

计算单个位点的对数似然（含离散 Gamma 速率类别的加权求和）。

method PartialLikelihood #
PartialLikelihood(PhyloNode, Int32, Double, Dictionary(Of Double, Double()()), Double)

自底向上计算指定节点在给定位点、给定速率下的部分似然向量。

method LogSumExp #
LogSumExp(Double())

对数空间下的 log-sum-exp，用于稳定地合并各速率类别的似然贡献。

property Model #
Model
property Sites #
Sites