CascadeFilter

Full name SMRUCC.genomics.Model.MotifGraph.ProteinStructure.Linclust.CascadeFilter Assembly SMRUCC.genomics.Model.MotifGraph.ProteinStructure Members 1

01 Syntax

SMRUCC.genomics.Model.MotifGraph.ProteinStructure.Linclust.CascadeFilter

02 Methods

Name	Overloads	Summary
Filter	1	阶段三:对 (member, center) 做汉明距离预筛 + 无缺口局部比对。

03 Members

method Filter #

Filter(String, String, Int32, Int32, Int32, Double, Double, Boolean)

阶段三:对 (member, center) 做汉明距离预筛 + 无缺口局部比对。

Parameters

Name	Type	Description
`member`	`String`	成员原始序列(缩减字母表编码后)
`center`	`String`	中心原始序列(缩减字母表编码后)
`kmerPosMember`	`Int32`	k-mer 在成员序列中的位置
`kmerPosCenter`	`Int32`	k-mer 在中心序列中的位置
`k`	`Int32`	k-mer 长度
`coverage`	`Double`	覆盖率阈值(0-1)
`seqid`	`Double`	一致性阈值(0-1)
`allowWildcardMatch`	`Boolean`	通配符是否视为匹配(默认 True,容忍未知残基)