ClusterExporter

Full name SMRUCC.genomics.Model.MotifGraph.ProteinStructure.Linclust.ClusterExporter Assembly SMRUCC.genomics.Model.MotifGraph.ProteinStructure Members 1

01 Syntax

SMRUCC.genomics.Model.MotifGraph.ProteinStructure.Linclust.ClusterExporter

02 Methods

Name	Overloads	Summary
ExportClusters	1	将 Linclust 聚类结果导出为两个 CSV 文件。

03 Members

method ExportClusters #

ExportClusters(FastaSeq(), ClusterResult, String)

将 Linclust 聚类结果导出为两个 CSV 文件。

Remarks

family_id 采用 1-based 编号 family_{i+1},与同仓库 FamilyCluster 约定一致。 SequenceCluster.score 取自 Cluster.memberScores(成员相对代表的比对 score; 代表序列自身记为簇内成员比对 score 的最大值)。

Parameters

Name	Type	Description
`seqs`	`FastaSeq()`	参与聚类的原始序列数组(与 ClusterResult 中的序列 ID 索引一一对应)
`result`	ClusterResult	Linclust.Cluster 返回的聚类结果
`outputDir`	`String`	导出目录(不存在时自动创建)

Returns

成功导出的两个文件路径:(FamilyExports.csv, SequenceCluster.csv); 若 result 为空或异常则返回空元组。