AnnotationIO

Full name SMRUCC.genomics.Model.OperonMapper.OperonPredictor.Core.AnnotationIO Assembly SMRUCC.genomics.Model.OperonMapper Members 6

01 Syntax

SMRUCC.genomics.Model.OperonMapper.OperonPredictor.Core.AnnotationIO

02 Methods

Name	Overloads	Summary
ReadGff	1	GFF3 解析（CDS/gene 记录）
ReadPtt	1	PTT 解析（NCBI 蛋白表）
ReadHomology	1	同源映射：query → (refGenome → (subject, score))。同一 ref 取最高分。
ReadReferenceGffs	1	参考基因组注释：refId → 基因列表（保守对邻接判定用）
ReadFunctions	1	功能注释：gene → category
ReadFasta	1	读 FASTA（单/多 contig，键 = contig 名）

03 Members

method ReadGff #

ReadGff(String, String)

GFF3 解析（CDS/gene 记录）

method ReadPtt #

ReadPtt(String, String)

PTT 解析（NCBI 蛋白表）

method ReadHomology #

ReadHomology(String)

同源映射：query → (refGenome → (subject, score))。同一 ref 取最高分。

method ReadReferenceGffs #

ReadReferenceGffs(List(Of Tuple(Of String, String)))

参考基因组注释：refId → 基因列表（保守对邻接判定用）

method ReadFunctions #

ReadFunctions(String)

功能注释：gene → category

method ReadFasta #

ReadFasta(String)

读 FASTA（单/多 contig，键 = contig 名）