HomologySignals

Full name SMRUCC.genomics.Model.OperonMapper.OperonPredictor.Core.HomologySignals Assembly SMRUCC.genomics.Model.OperonMapper Members 10

01 Syntax

SMRUCC.genomics.Model.OperonMapper.OperonPredictor.Core.HomologySignals

02 Methods

Name	Overloads	Summary
HasHomolog	1	基因 g 在参考基因组 ref 中是否有同源
BestSubject	1	基因 g 在 ref 中的最佳同源 subject 基因名
BarcodeStats	1	系统发育条形码 Hamming 距离（相邻对）与使用的参考数
ConservedPairCount	1	保守基因对计数 [§2.5]：参考基因组中两基因的同源物相邻、同序、同相对方向。
PcbbhCount	1	PCBBH 计数 [§2.1]：两基因在参考基因组中的最佳同源物相邻（不要求同序）。
LogBinomPmf	1	log 二项 pmf
BarcodeLlr	1	条形码二项 LLR（p_in vs p_out）
ConservedLlr	1	保守对二项 LLR（p_cons_in vs p_cons_out）
TotalRefs	1

03 Fields

Name	Overloads	Summary
RefIds	1

04 Members

method HasHomolog #

HasHomolog(String, String)

基因 g 在参考基因组 ref 中是否有同源

method BestSubject #

BestSubject(String, String)

基因 g 在 ref 中的最佳同源 subject 基因名

method BarcodeStats #

BarcodeStats(String, String, Int32, Int32)

系统发育条形码 Hamming 距离（相邻对）与使用的参考数

method ConservedPairCount #

ConservedPairCount(String, String)

保守基因对计数 [§2.5]：参考基因组中两基因的同源物相邻、同序、同相对方向。

method PcbbhCount #

PcbbhCount(String, String)

PCBBH 计数 [§2.1]：两基因在参考基因组中的最佳同源物相邻（不要求同序）。

method LogBinomPmf #

LogBinomPmf(Int32, Int32, Double)

log 二项 pmf

method BarcodeLlr #

BarcodeLlr(Int32, Int32, Double, Double)

条形码二项 LLR（p_in vs p_out）

method ConservedLlr #

ConservedLlr(Int32, Int32, Double, Double)

保守对二项 LLR（p_cons_in vs p_cons_out）

field RefIds #

RefIds

method TotalRefs #

TotalRefs()