SignalScan

Full name SMRUCC.genomics.Model.OperonMapper.OperonPredictor.Core.SignalScan Assembly SMRUCC.genomics.Model.OperonMapper Members 3

01 Syntax

SMRUCC.genomics.Model.OperonMapper.OperonPredictor.Core.SignalScan

02 Methods

Name	Overloads	Summary
ScanTerminator	1	在序列 seq 上扫描 Rho 非依赖型终止子强度 [0,1]。 frameMinus=True 时先转成 revcomp（负链读框）。
ScanPromoter	1	35/-10 框扫描强度 [0,1]；frameMinus=True 时先转 revcomp。
IntergenicSequence	1	提取两基因间区间序列（含上游基因 3' 端 15 nt 重叠，终止子可跨基因末端）。返回 Nothing 表示无序列可用。

03 Members

method ScanTerminator #

ScanTerminator(String, Boolean)

在序列 seq 上扫描 Rho 非依赖型终止子强度 [0,1]。 frameMinus=True 时先转成 revcomp（负链读框）。

method ScanPromoter #

ScanPromoter(String, Boolean)

-35/-10 框扫描强度 [0,1]；frameMinus=True 时先转 revcomp。

method IntergenicSequence #

IntergenicSequence(Dictionary(Of String, String), Gene, Gene, Boolean, Boolean)

提取两基因间区间序列（含上游基因 3' 端 15 nt 重叠，终止子可跨基因末端）。返回 Nothing 表示无序列可用。