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存储计算得出的操纵子预测特征得分
FeatureScores
01 Syntax
SMRUCC.genomics.Model.OperonMapper.ContextModel.FeatureScores
02 Properties
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| IntergenicDistance | 1 | 获取或设置基因间距离 论文公式: DI = downstream_gene_start - (upstream_gene_end + 1)，并应用 [-50, 250] 截断 |
| NeighborhoodConservation | 1 | 获取或设置基因邻域保守性得分 论文公式: S = -∑ L(gi, gj, Gk) |
| PhylogeneticDistance | 1 | 获取或设置系统发育距离 (此处存储汉明距离) 论文公式: DH = ∑di, 当仅单基因存在时 di=1，否则 di=0 |
| LengthRatio | 1 | 获取或设置相邻基因对长度比的自然对数 论文公式: L = ln(li/lj), j = i + 1 |
| GOSimilarity | 1 | 获取或设置GO功能相似性得分 论文定义: SGO(gi,gj) = max s(Vi,Vj)，即诱导路径中共同术语数的最大值 |
| Motifs | 1 | 获取或设置特定DNA基序在基因间区域的归一化频率字典 键为基序名称 (如 "Motif_TTTTT")，值为观测次数与期望次数的比值 |
| upstreamID | 1 | |
| downstreamID | 1 | |
| PhylogeneticDistanceShannon | 1 | |
| MetabolicScore | 1 | |
| DistanceGroup | 1 |
03 Members
IntergenicDistance
获取或设置基因间距离 论文公式: DI = downstream_gene_start - (upstream_gene_end + 1)，并应用 [-50, 250] 截断
NeighborhoodConservation
获取或设置基因邻域保守性得分 论文公式: S = -∑ L(gi, gj, Gk)
PhylogeneticDistance
获取或设置系统发育距离 (此处存储汉明距离) 论文公式: DH = ∑di, 当仅单基因存在时 di=1，否则 di=0
LengthRatio
获取或设置相邻基因对长度比的自然对数 论文公式: L = ln(li/lj), j = i + 1
GOSimilarity
获取或设置GO功能相似性得分 论文定义: SGO(gi,gj) = max s(Vi,Vj)，即诱导路径中共同术语数的最大值
Motifs
获取或设置特定DNA基序在基因间区域的归一化频率字典 键为基序名称 (如 "Motif_TTTTT")，值为观测次数与期望次数的比值
upstreamID
downstreamID
PhylogeneticDistanceShannon
MetabolicScore
DistanceGroup