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de novo 转录组组装器。
DeNovoAssembler
01 Syntax
SMRUCC.genomics.SequenceModel.RNA_Seq.Rockhopper.Assembly.DeNovoAssembler
02 Methods
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| Run | 1 | 执行完整的 de novo 组装并输出结果文件。 |
| countKmers | 1 | 统计全部读段的 k-mer 计数（容量受 -n 约束）。 |
| assembleContigs | 1 | de Bruijn 图贪心遍历：以高计数 k-mer 为种子，向左/向右延伸， 每一步选择计数最高且不低于 DeNovoAssembler.MinExpression 的相邻 k-mer。 |
| extend | 1 | 从一段序列出发，向前（3'）或向后（5'）延伸。 |
03 Properties
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| K | 1 | k-mer 长度（CLI -k，默认 25，范围 15–31）。 |
| MinReadLength | 1 | 使用读段前所需的最小长度（CLI -j，默认 35）。 |
| CapacityPower | 1 | k-mer 哈希表容量幂次 2^n（CLI -n，默认 25）。 |
| MinReadsMapping | 1 | 保留候选所需的最少映射读段数（CLI -b，默认 20）。 |
| MinTranscriptLength | 1 | 转录本最小长度（CLI -u，默认 2*K）。 |
| MinSeedExpression | 1 | 作为起点的 k-mer 最小计数（CLI -w，默认 50）。 |
| MinExpression | 1 | 延伸所需的 k-mer 最小计数（CLI -x，默认 5）。 |
| ConditionFiles | 1 | |
| OutputDir | 1 | |
| ExpressionFile | 1 | |
| NumThreads | 1 | |
| StopAfterOneHit | 1 | |
| OutputSAM | 1 | |
| Unstranded | 1 | |
| Verbose | 1 | |
| Time | 1 | |
| Labels | 1 | |
| MaxPairedEndLength | 1 | |
| SingleEndOrientationReverseComplement | 1 | |
| PairedEndOrientation | 1 | |
| NumConditions | 1 | |
| GenomeSize | 1 | |
| GenomeSizes | 1 |
04 Members
Run
执行完整的 de novo 组装并输出结果文件。
countKmers(
IEnumerable(Of Read))统计全部读段的 k-mer 计数（容量受 -n 约束）。
assembleContigs(
Dictionary(Of String, Int32))de Bruijn 图贪心遍历：以高计数 k-mer 为种子，向左/向右延伸， 每一步选择计数最高且不低于 DeNovoAssembler.MinExpression 的相邻 k-mer。
extend(
String, Dictionary(Of String, List(Of String)), Dictionary(Of String, List(Of String)), Dictionary(Of String, Int32), HashSet(Of String), Boolean)从一段序列出发，向前（3'）或向后（5'）延伸。
K
k-mer 长度（CLI -k，默认 25，范围 15–31）。
MinReadLength
使用读段前所需的最小长度（CLI -j，默认 35）。
CapacityPower
k-mer 哈希表容量幂次 2^n（CLI -n，默认 25）。
MinReadsMapping
保留候选所需的最少映射读段数（CLI -b，默认 20）。
MinTranscriptLength
转录本最小长度（CLI -u，默认 2*K）。
MinSeedExpression
作为起点的 k-mer 最小计数（CLI -w，默认 50）。
MinExpression
延伸所需的 k-mer 最小计数（CLI -x，默认 5）。
ConditionFiles
OutputDir
ExpressionFile
NumThreads
StopAfterOneHit
OutputSAM
Unstranded
Verbose
Time
Labels
MaxPairedEndLength
SingleEndOrientationReverseComplement
PairedEndOrientation
NumConditions
GenomeSize
GenomeSizes