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候选转录本的 BWT 索引与读段二次比对。
DeNovoIndex
01 Syntax
SMRUCC.genomics.SequenceModel.RNA_Seq.Rockhopper.Assembly.DeNovoIndex
02 Methods
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| MapReads | 1 | 把原始读段比对回候选转录本，统计支持度并淘汰低覆盖候选。 |
03 Properties
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| Count | 1 |
04 Members
MapReads(
IEnumerable(Of Read), Int32, Int32)把原始读段比对回候选转录本，统计支持度并淘汰低覆盖候选。
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
reads | IEnumerable(Of Read) | 原始读段（应已按 MinReadLength 过滤）。 |
minReadsMapping | Int32 | 保留候选所需的最少映射读段数（CLI -b）。 |
numThreads | Int32 | 并行线程数。 |
Count