BlockNetwork

Full name SMRUCC.genomics.Analysis.BNLearn.ModularNetwork.BlockNetwork Assembly SMRUCC.genomics.Analysis.BNLearn Members 10

01 Syntax

SMRUCC.genomics.Analysis.BNLearn.ModularNetwork.BlockNetwork

02 Methods

Name	Overloads	Summary
.ctor	2	空构造器：仅供 ModularNetworkPipeline.LoadModel()) 反序列化时创建空壳后再逐字段回填使用。训练流程请使用 New(expr, normalizeData) 构造器。
Learn	1
GetModuleHubSources	1
GetGlobalIndex	1

03 Properties

Name	Overloads	Summary
StructureParams	1	结构学习参数（算法/显著性阈值/最大父节点数/随机种子）
HubTopN	1	每个模块取 kME 最高的前 N 个基因作为模块接口（hub）
CrossModuleCorThreshold	1	模块 eigengene 相关阈值：\|cor\| 超过才尝试补模块间边
CrossGeneCorThreshold	1	hub 基因间相关阈值：\|r\| 超过才在对应基因间补跨模块边
CrossScale	1	跨模块边的初始权重缩放（最终由全局参数学习覆盖）

04 Members

method .ctor #

#ctor

空构造器：仅供 ModularNetworkPipeline.LoadModel() 反序列化时创建空壳后再逐字段回填使用。训练流程请使用 New(expr, normalizeData) 构造器。

method .ctor overload 2 #

模块切分 → 子网络训练 → 全局矩阵拼接

Parameters

Name	Type	Description
`expr`	GeneExpressionData	全局表达矩阵（基因 × 样本）
`normalizeData`	`Boolean`	是否对表达数据做标准化（z-score），默认 True

method Learn #

Parameters

Name	Type	Description
`assignment`	GeneModuleColor()	WGCNA 模块划分结果（geneID / moduleColor / kME）

property StructureParams #

StructureParams

结构学习参数（算法/显著性阈值/最大父节点数/随机种子）

property HubTopN #

HubTopN

每个模块取 kME 最高的前 N 个基因作为模块接口（hub）

property CrossModuleCorThreshold #

CrossModuleCorThreshold

模块 eigengene 相关阈值：|cor| 超过才尝试补模块间边

property CrossGeneCorThreshold #

CrossGeneCorThreshold

hub 基因间相关阈值：|r| 超过才在对应基因间补跨模块边

property CrossScale #

CrossScale

跨模块边的初始权重缩放（最终由全局参数学习覆盖）

method GetModuleHubSources #

GetModuleHubSources()

method GetGlobalIndex #

GetGlobalIndex(String)