ModulePhenotype

Full name SMRUCC.genomics.Analysis.HTS.WGCNA.ModulePhenotype Assembly SMRUCC.genomics.Analysis.HTS.WGCNA Members 7

WGCNA模块与表型相关性分析模块

该模块实现了WGCNA分析中关键的模块-表型关联分析功能：

模块特征基因(Module Eigengene, ME)计算 - 使用PCA提取模块的第一主成分
模块与表型相关性计算 - 分析模块特征基因与表型数据的相关性
基因显著性(Gene Significance, GS)计算 - 分析单个基因与表型的相关性
模块成员(Module Membership, MM)计算 - 分析基因与模块特征基因的相关性

01 Syntax

SMRUCC.genomics.Analysis.HTS.WGCNA.ModulePhenotype

02 Methods

Name	Overloads	Summary
CalculateModuleEigengene	1	计算模块特征基因 (Module Eigengene, ME) 模块特征基因是模块内所有基因表达值的第一主成分(PC1)，它代表了该模块的整体表达模式，是模块的代表性"虚拟基因"。计算方法： 1.
CalculateModulePhenotypeCorrelation	1	计算模块特征基因与表型的相关性这是WGCNA分析的核心步骤之一，用于识别与特定表型显著相关的模块。计算方法： 1.
CalculateAllModulePhenotypeCorrelations	1	计算所有模块与所有表型的相关性矩阵这是WGCNA分析中常用的功能，生成模块×表型的相关性热图数据
CalculateGeneSignificance	1	计算基因显著性 (Gene Significance, GS) 基因显著性定义为基因表达与表型值的相关性。高GS值的基因可能与所研究的表型密切相关。计算方法： GS(i) = \|cor(x_i, T)\| 其中x_i是基因i的表达值，T是表型值
CalculateAllGeneSignificance	1	计算所有基因对特定表型的显著性
CalculateModuleMembership	1	计算模块成员 (Module Membership, MM) 模块成员定义为基因表达与模块特征基因的相关性。高MM值的基因是该模块的核心成员。计算方法： MM(i) = cor(x_i, ME) 其中x_i是基因i的表达值，ME是模块特征基因
CalculateAllModuleMembership	1	计算所有基因对所有模块的成员资格

03 Members

method CalculateModuleEigengene #

CalculateModuleEigengene(Matrix, String(), String)

计算模块特征基因 (Module Eigengene, ME)

模块特征基因是模块内所有基因表达值的第一主成分(PC1)，它代表了该模块的整体表达模式，是模块的代表性"虚拟基因"。

计算方法：

提取模块内所有基因的表达矩阵
对表达矩阵进行PCA分析
取第一主成分作为模块特征基因
计算第一主成分解释的方差比例

Parameters

Name	Type	Description
`expressionMatrix`	`Matrix`	基因表达矩阵（基因×样本）
`moduleGenes`	`String()`	模块内的基因ID列表
`moduleName`	`String`	模块名称

Returns

模块特征基因计算结果

method CalculateModulePhenotypeCorrelation #

CalculateModulePhenotypeCorrelation(Double(), Double(), String, String)

计算模块特征基因与表型的相关性

这是WGCNA分析的核心步骤之一，用于识别与特定表型显著相关的模块。

计算方法：

获取模块特征基因的表达值
计算特征基因与表型值的Pearson相关系数
计算相关性的统计显著性(p值)

Parameters

Name	Type	Description
`eigengene`	`Double()`	模块特征基因值（样本数）
`phenotypeValues`	`Double()`	表型值（样本数）
`moduleName`	`String`	模块名称
`phenotypeName`	`String`	表型名称

Returns

模块-表型相关性结果

method CalculateAllModulePhenotypeCorrelations #

CalculateAllModulePhenotypeCorrelations(Matrix, Dictionary(Of String, String()), Dictionary(Of String, Double()))

计算所有模块与所有表型的相关性矩阵

这是WGCNA分析中常用的功能，生成模块×表型的相关性热图数据

Parameters

Name	Type	Description
`expressionMatrix`	`Matrix`	基因表达矩阵
`modules`	`Dictionary(Of String, String())`	模块字典（模块名→基因列表）
`phenotypeData`	`Dictionary(Of String, Double())`	表型数据字典（表型名→值数组）

Returns

模块-表型相关性结果列表

method CalculateGeneSignificance #

CalculateGeneSignificance(Double(), Double(), String, String)

计算基因显著性 (Gene Significance, GS)

基因显著性定义为基因表达与表型值的相关性。高GS值的基因可能与所研究的表型密切相关。

计算方法： GS(i) = |cor(x_i, T)| 其中x_i是基因i的表达值，T是表型值

Parameters

Name	Type	Description
`geneExpression`	`Double()`	基因表达值（样本数）
`phenotypeValues`	`Double()`	表型值（样本数）
`geneId`	`String`	基因ID
`phenotypeName`	`String`	表型名称

Returns

基因显著性结果

method CalculateAllGeneSignificance #

CalculateAllGeneSignificance(Matrix, Double(), String)

计算所有基因对特定表型的显著性

Parameters

Name	Type	Description
`expressionMatrix`	`Matrix`	基因表达矩阵
`phenotypeValues`	`Double()`	表型值
`phenotypeName`	`String`	表型名称

Returns

基因显著性结果列表

method CalculateModuleMembership #

CalculateModuleMembership(Double(), Double(), String, String)

计算模块成员 (Module Membership, MM)

模块成员定义为基因表达与模块特征基因的相关性。高MM值的基因是该模块的核心成员。

计算方法： MM(i) = cor(x_i, ME) 其中x_i是基因i的表达值，ME是模块特征基因

Parameters

Name	Type	Description
`geneExpression`	`Double()`	基因表达值（样本数）
`eigengene`	`Double()`	模块特征基因值（样本数）
`geneId`	`String`	基因ID
`moduleName`	`String`	模块名称

Returns

模块成员结果

method CalculateAllModuleMembership #

CalculateAllModuleMembership(Matrix, Dictionary(Of String, String()))

计算所有基因对所有模块的成员资格

Parameters

Name	Type	Description
`expressionMatrix`	`Matrix`	基因表达矩阵
`modules`	`Dictionary(Of String, String())`	模块字典

Returns

模块成员结果列表