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WGCNA分析结果类
Result
01 Syntax
SMRUCC.genomics.Analysis.HTS.WGCNA.Result
02 Methods
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| GetModuleEigengene | 1 | 获取指定模块的特征基因 |
| GetModulePhenotypeCorrelation | 1 | 获取指定模块与指定表型的相关性 |
| GetSignificantModules | 1 | 获取与指定表型显著相关的模块列表 |
| GetTopModuleMembers | 1 | 获取指定模块中成员资格最高的基因 |
| GetTopSignificantGenes | 1 | 获取对指定表型显著性最高的基因 |
03 Properties
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| beta | 1 | 最佳beta值测试结果 |
| network | 1 | 网络图对象 |
| K | 1 | 连接度向量 |
| TOM | 1 | TOM矩阵 |
| hclust | 1 | 层次聚类树 |
| modules | 1 | 模块字典（模块名→基因列表） |
| softBeta | 1 | 所有beta候选值的测试结果 |
| moduleEigengenes | 1 | 模块特征基因字典（模块名→特征基因值数组） 每个模块的特征基因是该模块内所有基因表达值的第一主成分 |
| moduleEigengeneResults | 1 | 模块特征基因详细结果列表 包含方差解释比例等信息 |
| modulePhenotypeCorrelations | 1 | 模块与表型相关性结果列表 存储每个模块与每个表型的相关性分析结果 |
| geneSignificance | 1 | 基因显著性结果列表 存储每个基因与每个表型的相关性分析结果 |
| moduleMembership | 1 | 模块成员结果列表 存储每个基因与每个模块特征基因的相关性 |
04 Members
GetModuleEigengene(
String)获取指定模块的特征基因
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
moduleName | String | 模块名称 |
Returns
特征基因值数组，如果模块不存在则返回Nothing
GetModulePhenotypeCorrelation(
String, String)获取指定模块与指定表型的相关性
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
moduleName | String | 模块名称 |
phenotypeName | String | 表型名称 |
Returns
相关性结果，如果不存在则返回Nothing
GetSignificantModules(
String, Double)获取与指定表型显著相关的模块列表
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
phenotypeName | String | 表型名称 |
pValueThreshold | Double | p值阈值，默认0.05 |
Returns
显著相关模块的相关性结果列表
GetTopModuleMembers(
String, Int32)获取指定模块中成员资格最高的基因
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
moduleName | String | 模块名称 |
topN | Int32 | 返回的基因数量，默认10 |
Returns
模块成员资格最高的基因列表
GetTopSignificantGenes(
String, Int32)获取对指定表型显著性最高的基因
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
phenotypeName | String | 表型名称 |
topN | Int32 | 返回的基因数量，默认10 |
Returns
基因显著性最高的基因列表
beta
最佳beta值测试结果
network
网络图对象
K
连接度向量
TOM
TOM矩阵
hclust
层次聚类树
modules
模块字典（模块名→基因列表）
Remarks
modules is clustered based on the Result.TOM matrix
softBeta
所有beta候选值的测试结果
moduleEigengenes
模块特征基因字典（模块名→特征基因值数组） 每个模块的特征基因是该模块内所有基因表达值的第一主成分
moduleEigengeneResults
模块特征基因详细结果列表 包含方差解释比例等信息
modulePhenotypeCorrelations
模块与表型相关性结果列表 存储每个模块与每个表型的相关性分析结果
geneSignificance
基因显著性结果列表 存储每个基因与每个表型的相关性分析结果
moduleMembership
模块成员结果列表 存储每个基因与每个模块特征基因的相关性