TOM

Full name SMRUCC.genomics.Analysis.HTS.WGCNA.TOM Assembly SMRUCC.genomics.Analysis.HTS.WGCNA Members 3

Category 2: Functions for module detection.

Modules are defined as clusters Of densely interconnected genes

(TOM矩阵)

01 Syntax

SMRUCC.genomics.Analysis.HTS.WGCNA.TOM

02 Methods

Name	Overloads	Summary
Intermediate	1	计算中间矩阵I (Intermediate Matrix) TOM公式中的中间项: w_ij = sum_u(a_iu * a_ju) 表示节点i和j的共同邻居的连接强度之和
Matrix	1	计算TOM矩阵 (Topological Overlap Matrix) TOM值衡量两个节点在网络拓扑结构上的相似性公式: w_ij = (I(i,j) + A(i,j)) / (min(k_i, k_j) + 1 - A(i,j)) 其中 k_i 是节点i的连接度
CreateModules	1	从层次聚类树创建模块

03 Members

method Intermediate #

Intermediate(NumericMatrix)

计算中间矩阵I (Intermediate Matrix)

TOM公式中的中间项: w_ij = sum_u(a_iu * a_ju) 表示节点i和j的共同邻居的连接强度之和

Parameters

Name	Type	Description
`A`	`NumericMatrix`	邻接矩阵

Returns

中间矩阵

method Matrix #

Matrix(NumericMatrix, Vector)

计算TOM矩阵 (Topological Overlap Matrix)

TOM值衡量两个节点在网络拓扑结构上的相似性公式: w_ij = (I(i,j) + A(i,j)) / (min(k_i, k_j) + 1 - A(i,j)) 其中 k_i 是节点i的连接度

Parameters

Name	Type	Description
`A`	`NumericMatrix`	邻接矩阵
`K`	`Vector`	连接度向量

Returns

TOM矩阵

method CreateModules #

CreateModules(Cluster, Double)

从层次聚类树创建模块

Parameters

Name	Type	Description
`tree`	`Cluster`	层次聚类树
`distCut`	`Double`	a percentage threshold value in range `[0,1]`

Returns

模块集合