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共线性区块定义
CollinearBlock
00 Remarks
区块除了记录参与共线性的两个基因组/染色体之外，还会记录区块在这两条染色体之上 所覆盖的起止坐标(CollinearBlock.Start1 / CollinearBlock.End1 / CollinearBlock.Start2 / CollinearBlock.End2， 分别取区块内所有基因的最小起始位点与最大终止位点)，这样子就可以直接用于共线性绘图。
01 Syntax
SMRUCC.genomics.Analysis.PanGenome.CollinearBlock
02 Methods
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| .ctor | 3 | 构造一个包含起止坐标信息的共线性区块 |
03 Properties
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| OrthologyLinks | 1 | 区块包含的基因对 |
| LinkCount | 1 | 区块内的同源基因对数量，当 CollinearBlock.OrthologyLinks 为 Nothing 的时候使用这个属性做统计 |
| Score | 1 | TODO: 评估指标：得分或E-value |
| GenePairCount | 1 | 区块内的同源基因对数量（自动兼容摘要模式） |
| Start1 | 1 | 区块在基因组1的 CollinearBlock.Chr1 之上的起始位点（区块内所有基因的最小起始位点） |
| End1 | 1 | 区块在基因组1的 CollinearBlock.Chr1 之上的终止位点（区块内所有基因的最大终止位点） |
| Start2 | 1 | 区块在基因组2的 CollinearBlock.Chr2 之上的起始位点（区块内所有基因的最小起始位点） |
| End2 | 1 | 区块在基因组2的 CollinearBlock.Chr2 之上的终止位点（区块内所有基因的最大终止位点） |
| Length1 | 1 | 区块在基因组1之上的长度（bp），没有坐标信息的时候返回0 |
| Length2 | 1 | 区块在基因组2之上的长度（bp），没有坐标信息的时候返回0 |
| Genome1 | 1 | |
| Genome2 | 1 | |
| Chr1 | 1 | |
| Chr2 | 1 |
04 Members
#ctor(CollinearBlock,
Int32)构造一个仅包含统计信息的共线性区块摘要（不保存逐基因的同源配对数据）
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
source | CollinearBlock | - |
linkCount | Int32 | 区块内的同源基因对数量 |
构造一个包含起止坐标信息的共线性区块
Remarks
坐标信息(两个方向上基因的最小起始位点与最大终止位点)是共线性绘图 (点图、带状图)所必须的；在基因组数量很多、逐基因配对数据被关闭的 摘要模式下面，坐标信息依然会被完整保留下来。
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
source | CollinearBlock | - |
links | IEnumerable(Of OrthologyLink) | 区块之内的同源基因对 |
range | CollinearRange | 区块在两个基因组之上的坐标范围 |
构造一个仅包含统计信息与坐标范围的共线性区块摘要
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
source | CollinearBlock | - |
linkCount | Int32 | 区块内的同源基因对数量 |
range | CollinearRange | 区块在两个基因组之上的坐标范围 |
OrthologyLinks
区块包含的基因对
Remarks
在基因组数量非常多的情况下（例如上百个基因组的两两比较）， 逐基因的共线性配对数据会占用非常巨大的内存，这个时候会通过 GenomeAnalyzer.RetainOrthologyLinks 关闭掉这个属性的输出， 只保留 CollinearBlock.LinkCount 统计数值。
LinkCount
区块内的同源基因对数量，当 CollinearBlock.OrthologyLinks 为 Nothing 的时候使用这个属性做统计
Score
TODO: 评估指标：得分或E-value
GenePairCount
区块内的同源基因对数量（自动兼容摘要模式）
Start1
区块在基因组1的 CollinearBlock.Chr1 之上的起始位点（区块内所有基因的最小起始位点）
End1
区块在基因组1的 CollinearBlock.Chr1 之上的终止位点（区块内所有基因的最大终止位点）
Start2
区块在基因组2的 CollinearBlock.Chr2 之上的起始位点（区块内所有基因的最小起始位点）
End2
区块在基因组2的 CollinearBlock.Chr2 之上的终止位点（区块内所有基因的最大终止位点）
Length1
区块在基因组1之上的长度（bp），没有坐标信息的时候返回0
Length2
区块在基因组2之上的长度（bp），没有坐标信息的时候返回0
Genome1
Genome2
Chr1
Chr2