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TSSAR 的运行参数。
TssarOptions
01 Syntax
SMRUCC.genomics.Analysis.RNA_Seq.TSSAR.Models.TssarOptions
02 Properties
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| PlusSam | 1 | [+] 文库（经 TEX 处理、富集了 TSS）的 SAM 比对文件。 |
| MinusSam | 1 | [-] 文库（未经处理）的 SAM 比对文件。 |
| GenomeSize | 1 | 基因组长度；当为 0 时必须提供 TssarOptions.Fasta。 |
| Fasta | 1 | 参考基因组 fasta 文件路径（仅用于解析基因组长度与序列名称）。 |
| Chromosome | 1 | 输出 BED 文件之中使用的参考序列名称；缺省为 chr。 |
| WindowSize | 1 | 滑动窗口大小（nt），缺省 1000。 |
| MinPeakSize | 1 | 噪声阈值：只有 [+] 文库原始 read 起始数不低于该值的位置才会被考虑为 TSS，缺省 3。 |
| PValueCutoff | 1 | p 值阈值（判定为 TSS 的最大 p 值），缺省 1e-4。 |
| ScoreMode | 1 | 评分/聚类模式，缺省为峰值差。 |
| Clustering | 1 | 是否对连续的 TSS 位置执行聚类（缺省 True）。 |
| ClusterRange | 1 | 聚类时两个显著位置被视为"连续"的最大间距（nt），缺省 3。 |
| MultipleTesting | 1 | 多重检验校正方法（fdr/BH/bonferroni/holm/hochberg/hommel/BY/none）； 为空字符串时不执行校正。 |
| Prorata | 1 | 是否按 SAM 的 NH 标签对多重比对的 read 进行按比例计数（1/n）。 |
| Seed | 1 | 结构零随机剔除所使用的随机数种子（保证结果可复现）。 |
| Ptt | 1 | 基因注释（PTT）文件路径；提供后将对 TSS 执行 Primary/Internal/Antisense/Orphan 分类。 |
| PrimaryUpstream | 1 | 判定为 Primary TSS 的最大上游距离（nt），缺省 250。 |
| AntisenseDownstream | 1 | 判定为反义下游（Ad）的最大下游距离（nt），缺省 30。 |
| Verbose | 1 | 是否输出进度信息。 |
03 Members
PlusSam
[+] 文库（经 TEX 处理、富集了 TSS）的 SAM 比对文件。
MinusSam
[-] 文库（未经处理）的 SAM 比对文件。
GenomeSize
基因组长度；当为 0 时必须提供 TssarOptions.Fasta。
Fasta
参考基因组 fasta 文件路径（仅用于解析基因组长度与序列名称）。
Chromosome
输出 BED 文件之中使用的参考序列名称；缺省为 chr。
WindowSize
滑动窗口大小（nt），缺省 1000。
MinPeakSize
噪声阈值：只有 [+] 文库原始 read 起始数不低于该值的位置才会被考虑为 TSS，缺省 3。
PValueCutoff
p 值阈值（判定为 TSS 的最大 p 值），缺省 1e-4。
ScoreMode
评分/聚类模式，缺省为峰值差。
Clustering
是否对连续的 TSS 位置执行聚类（缺省 True）。
ClusterRange
聚类时两个显著位置被视为"连续"的最大间距（nt），缺省 3。
MultipleTesting
多重检验校正方法（fdr/BH/bonferroni/holm/hochberg/hommel/BY/none）； 为空字符串时不执行校正。
Prorata
是否按 SAM 的 NH 标签对多重比对的 read 进行按比例计数（1/n）。
Seed
结构零随机剔除所使用的随机数种子（保证结果可复现）。
Ptt
基因注释（PTT）文件路径；提供后将对 TSS 执行 Primary/Internal/Antisense/Orphan 分类。
PrimaryUpstream
判定为 Primary TSS 的最大上游距离（nt），缺省 250。
AntisenseDownstream
判定为反义下游（Ad）的最大下游距离（nt），缺省 30。
Verbose
是否输出进度信息。