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API Docs / SMRUCC.genomics.Analysis.RNA-Seq.TSSAR

SMRUCC.genomics.Analysis.RNA-Seq.TSSAR 1.0.9762.7562.

Namespaces 3 Types 20 Members 110

01 Namespaces

SMRUCC.genomics.Analysis.RNA_Seq.TSSAR

TypeSummary Members
AlignmentIO SAM / FastQ 通用读写辅助函数。 3
BedWriter TSSAR 结果文件的输出（BED 格式）。 3
CoverageMap 双库（[+] / [-]）双链的逐位置 read 起始覆盖度。 10
Reads 3
ReadsCoverage 从 SAM 比对文件统计双库双链的逐位置 read 起始覆盖度。 2
TSSAR T*ranscription *S*tart *S*ites *A*nnotation *R*egime（TSSAR）： 基于 dRNA-seq 数据的转录起始位点注释算法。 2
TssClassification 基于基因注释（PTT）对 TSS 执行基因组上下文分类，并推断 5'UTR 长度。 2
TssClustering 对连续的 TSS 位置执行聚类合并，只保留每一个簇之中最显著的位点。 2

SMRUCC.genomics.Analysis.RNA_Seq.TSSAR.Models

TypeSummary Members
CoverageProfile 逐位置 read 起始覆盖度记录。 3
DumpRegion 由于零膨胀 Poisson 回归不能收敛（无法建模）而被排除出分析的基因组区间。 4
ScoreModes TSS 输出的评分（同时也是聚类时选择代表位点）的模式， 对应 TSSAR 的 --score 选项。 4
TssarOptions TSSAR 的运行参数。 18
TssarResult TSSAR 的运行结果。 10
TssSite 一条被注释为转录起始位点（TSS）的结果记录。 13
TssTypes TSS 相对于基因组注释（PTT/GFF）的上下文分类， 对应 TSSAR 论文后处理阶段的 Primary / Internal / Antisense(Ai/Ad) / Orphan 分类。 10

SMRUCC.genomics.Analysis.RNA_Seq.TSSAR.Statistics

TypeSummary Members
MultipleTesting 多重检验校正封装，对应 TSSAR 的 --mtc 选项。 1
SlidingWindow 滑动窗口核心算法：局部零膨胀 Poisson 背景估计 + Skellam 显著性检验。 5
StrandPValueResult 单条链（正链或负链）的滑动窗口分析结果。 4
ZipEstimate 截距型零膨胀 Poisson（zero-inflated Poisson, ZIP）模型的最大似然估计结果。 8
ZipRegression 截距型零膨胀 Poisson 模型的最大似然参数估计。 3