ReadsCoverage

Full name SMRUCC.genomics.Analysis.RNA_Seq.TSSAR.ReadsCoverage Assembly SMRUCC.genomics.Analysis.RNA-Seq.TSSAR Members 2

从 SAM 比对文件统计双库双链的逐位置 read 起始覆盖度。

01 Syntax

SMRUCC.genomics.Analysis.RNA_Seq.TSSAR.ReadsCoverage

02 Methods

Name	Overloads	Summary
FromSam	1	从 [+] / [-] 两个 SAM 文件统计 read 起始覆盖度。
GetGenomeSize	1	解析参考基因组 fasta 文件，得到基因组总长度与第一条序列的名称。

03 Members

method FromSam #

FromSam(String, String, Int32, Boolean)

从 [+] / [-] 两个 SAM 文件统计 read 起始覆盖度。

Parameters

Name	Type	Description
`plusSam`	`String`	[+] 文库的 SAM 文件路径。
`minusSam`	`String`	[-] 文库的 SAM 文件路径。
`genomeSize`	`Int32`	基因组长度。
`prorata`	`Boolean`	是否按 SAM 的 `NH` 标签对多重比对 read 执行 `1/n` 计数。

Returns

覆盖度统计结果。

method GetGenomeSize #

GetGenomeSize(String, String)

解析参考基因组 fasta 文件，得到基因组总长度与第一条序列的名称。

Remarks

与 TSSAR.pl 一致：把 fasta 中的全部序列首尾相连作为基因组长度，并使用第一条序列的名称作为染色体标识。

Parameters

Name	Type	Description
`fasta`	`String`	fasta 文件路径。
`chromosome`	`String`	输出：第一条序列的名称。

Returns

所有序列的碱基总数。