TssClustering

Full name SMRUCC.genomics.Analysis.RNA_Seq.TSSAR.TssClustering Assembly SMRUCC.genomics.Analysis.RNA-Seq.TSSAR Members 2

对连续的 TSS 位置执行聚类合并，只保留每一个簇之中最显著的位点。

00 Remarks

对应 TSSAR 的 --cluster 选项：两个显著位置之间的距离不超过 range（缺省 3 nt）时被视为"连续"，合并为一个簇；簇内"最佳"位点由评分模式决定 —— p 模式取 p 值最小者， d 模式取 [+] 与 [-] 峰值差最大者。

01 Syntax

SMRUCC.genomics.Analysis.RNA_Seq.TSSAR.TssClustering

02 Methods

Name	Overloads	Summary
Cluster	1	按链分别对显著 TSS 位置执行聚类。
Best	1	从同一个簇之中选出最显著的位点。

03 Members

method Cluster #

Cluster(IEnumerable(Of TssSite), Int32, ScoreModes)

按链分别对显著 TSS 位置执行聚类。

Parameters

Returns

聚类之后的 TSS 位置：先正链（按位置升序）、后负链（按位置升序）。

method Best #

Best(List(Of TssSite), ScoreModes)

从同一个簇之中选出最显著的位点。