AlignmentIO

Full name SMRUCC.genomics.Analysis.RNA_Seq.TSSAR.AlignmentIO Assembly SMRUCC.genomics.Analysis.RNA-Seq.TSSAR Members 3

SAM / FastQ 通用读写辅助函数。

00 Remarks

本模块保留了原 Perl.vb 之中与外部 Perl/R 无关的通用读写能力；原先通过调用外部 Perl/R 运行时实现 TSSAR 的代码已全部移除，改由纯 VB.NET 的 TSSAR 模块实现。

01 Syntax

SMRUCC.genomics.Analysis.RNA_Seq.TSSAR.AlignmentIO

02 Methods

Name	Overloads	Summary
LoadFastaq	1	读取 FastQ 文件。
LoadSAM	1	读取 SAM 比对文件。
SaveAlignmentReadsMapping	1	把比对片段导出为 CSV 文件。

03 Members

method LoadFastaq #

LoadFastaq(String)

读取 FastQ 文件。

method LoadSAM #

LoadSAM(String)

读取 SAM 比对文件。

method SaveAlignmentReadsMapping #

SaveAlignmentReadsMapping(IEnumerable(Of AlignmentReads), String)

把比对片段导出为 CSV 文件。