TSSAR

Full name SMRUCC.genomics.Analysis.RNA_Seq.TSSAR.TSSAR Assembly SMRUCC.genomics.Analysis.RNA-Seq.TSSAR Members 2

Transcription Start Sites Annotation Regime（TSSAR）：基于 dRNA-seq 数据的转录起始位点注释算法。

00 Remarks

本实现为论文（Amman et al., BMC Bioinformatics 2014）与原始 TSSAR.pl/R 工作流的纯 VB.NET 重写，核心步骤为：

从 [+] / [-] 两个 SAM 文库统计双链逐位置 read 起始覆盖度；
在滑动窗口（默认 1000 nt）内用零膨胀 Poisson 回归估计局部背景，分离"结构零（不转录）"与"采样零（转录但未采到）"；
对 [+] 与 [-] 的逐位置计数差使用 Skellam 分布做显著性检验；
多个窗口的 p 值取几何平均，并以双阈值（p 值 + 噪声阈值）判定 TSS；
可选多重检验校正、连续 TSS 聚类、基因上下文分类与 5'UTR / TEX 评估。

01 Syntax

SMRUCC.genomics.Analysis.RNA_Seq.TSSAR.TSSAR

02 Methods

Name	Overloads	Summary
Annotate	1	执行一次完整的 TSS 注释分析。
AnnotateCommand	1	执行一次完整的 TSS 注释分析，并把 TSS 与未建模区域写出为 BED 文件。

03 Members

method Annotate #

Annotate(TssarOptions)

执行一次完整的 TSS 注释分析。

Parameters

Name	Type	Description
`options`	TssarOptions	运行参数。

Returns

分析结果。

method AnnotateCommand #

AnnotateCommand(String, String, Int32, String, String, String, String, Int32, Int32, Double, String, Int32, Boolean, String, Boolean, String)

执行一次完整的 TSS 注释分析，并把 TSS 与未建模区域写出为 BED 文件。

Remarks

用法示例：

 TSSAR.Annotate --libP plus.sam --libM minus.sam --g_size 5000000 --minPeak 3 --pval 1e-4 --winSize 1000 --score d --mtc fdr --ptt genome.ptt --out tss.bed --dump Dump.bed

Parameters

Name	Type	Description
`plusSam`	`String`	[+] 文库的 SAM 文件路径。
`minusSam`	`String`	[-] 文库的 SAM 文件路径。
`genomeSize`	`Int32`	基因组长度（当提供 fasta 时可省略）。
`fasta`	`String`	参考基因组 fasta 文件路径。
`out`	`String`	输出的 TSS BED 文件路径。
`dump`	`String`	输出的未建模区域 BED 文件路径。
`ptt`	`String`	基因注释（PTT）文件路径。
`windowSize`	`Int32`	滑动窗口大小。
`minPeak`	`Int32`	噪声阈值。
`pvalue`	`Double`	p 值阈值。
`score`	`String`	评分模式（`p` 或 `d`）。
`range`	`Int32`	聚类合并的最大间距。
`nocluster`	`Boolean`	是否禁止聚类（`True` 时输出全部显著位点）。
`mtc`	`String`	多重检验校正方法；为空表示不校正。
`prorata`	`Boolean`	是否按 `NH` 标签按比例计数。
`chrName`	`String`	输出 BED 中使用的参考序列名称。

Returns

被注释的 TSS 数量。