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BlastnMapTable
01 Syntax
SMRUCC.genomics.Analysis.SequenceAlignment.siRNAHit.BlastnMapTable
02 Methods
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| Parse | 1 | 解析 NCBI blastn 的 outfmt 6 表格流。 |
| TryParseRow | 1 | 解析单行 HSP 记录；列数不足 12 时返回 Nothing。 |
| ToString | 1 |
03 Properties
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| IsMinus | 1 | 该 HSP 是否命中在 subject 的负链上（BLASTN 的 sstrand = "minus"）。 |
| SiteStart | 1 | 靶位点在 mRNA 正义链上的起始坐标（1-based，恒小于等于 BlastnMapTable.SiteEnd）。 |
| SiteEnd | 1 | 靶位点在 mRNA 正义链上的结束坐标（1-based，恒大于等于 BlastnMapTable.SiteStart）。 |
| SiteLength | 1 | 靶位点在 mRNA 正义链上的跨度（nt）。 |
| qseqid | 1 | |
| sseqid | 1 | |
| sstart | 1 | |
| send | 1 | |
| qstart | 1 | |
| qend | 1 | |
| sstrand | 1 | |
| qseq | 1 | |
| sseq | 1 | |
| length | 1 | |
| evalue | 1 | |
| bitscore | 1 |
04 Members
Parse(
Stream)解析 NCBI blastn 的 outfmt 6 表格流。
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
s | Stream | 表格文件流。列序必须与下面命令行中的 -outfmt 完全一致： |
Returns
逐行流式产出，列数不足 12 的行被跳过。
TryParseRow(
String())解析单行 HSP 记录；列数不足 12 时返回 Nothing。
IsMinus
该 HSP 是否命中在 subject 的负链上（BLASTN 的 sstrand = "minus"）。
Remarks
小RNA 靶位点 = revcomp(miRNA) 出现在 mRNA 正义链上，因此只有 minus 链命中 才是生物学上有意义的靶位点；plus 链命中表示 mRNA 含有与 miRNA 同向的序列， 无法反向互补结合。
SiteStart
靶位点在 mRNA 正义链上的起始坐标（1-based，恒小于等于 BlastnMapTable.SiteEnd）。
Remarks
minus 链命中时 BLASTN 输出 sstart > send，这里统一归一化成从小到大， 避免出现负长度。
SiteEnd
靶位点在 mRNA 正义链上的结束坐标（1-based，恒大于等于 BlastnMapTable.SiteStart）。
SiteLength
靶位点在 mRNA 正义链上的跨度（nt）。
qseqid
sseqid
sstart
send
qstart
qend
sstrand
qseq
sseq
length
evalue
bitscore
ToString()