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psRNATarget 小RNA靶标预测算法实现。
采用反向互补比对：miRNA 经 RNA 反向互补后作为正向 query 与 mRNA 做 Smith-Waterman 局部比对，再依据位置加权罚分体系计算期望值（Expectation）。 期望值越低代表互补质量越好。 支持 V1（2011）/ V2（2017，默认）两套 Schema。
psRNATarget
01 Syntax
SMRUCC.genomics.Analysis.SequenceAlignment.siRNAHit.psRNATarget
02 Methods
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| Score | 1 | 对单条 miRNA 在整条 mRNA 上做位置加权期望计算。 |
| ComputeExpectation | 1 | 计算位置加权期望值： E = Σ w_i · p_i + N_gap_open·P_open + N_gap_ext·P_ext 其中 p_i 为配对罚分（WC=0, G:U=0.5, mismatch=1, gap=1）。 |
| PositionWeight | 1 | 按 miRNA 位置返回权重（1-based，超出表长取末端宽松值）。 |
| HasCenterMismatch | 1 | 切割位点（miRNA 第 10–11 位）错配 → 翻译抑制候选。 |
| PassFilter | 1 | 应用 psRNATarget 过滤：期望值达标，且种子区内非 G:U 错配不超过版本上限。 种子区定义：V1 = 第 2–8 位，V2 = 第 2–13 位。 |
| Run | 1 | 对一组候选 mRNA 执行预测，返回通过的命中集合。 |
| ToString | 1 |
03 Properties
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| Accessibility | 1 | 靶标可及性评估器（UPE），默认关闭。 |
| MaxExpectation | 1 | |
| Version | 1 | |
| MinHitLength | 1 |
04 Fields
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| PEN_MISMATCH | 1 | 基线（非种子区）错配罚分基数；G:U 半值。 |
| SEED_MAX_MISMATCH_V2 | 1 | V2 种子区（2–13）内允许的最大非 G:U 错配数。 |
| SEED_MAX_MISMATCH_V1 | 1 | V1 种子区（2–8）内允许的最大非 G:U 错配数（默认无硬性限制，设较大值）。 |
05 Members
Score(
String, String)对单条 miRNA 在整条 mRNA 上做位置加权期望计算。
ComputeExpectation(
String, LocalHSPMatch(Of Char))计算位置加权期望值： E = Σ w_i · p_i + N_gap_open·P_open + N_gap_ext·P_ext 其中 p_i 为配对罚分（WC=0, G:U=0.5, mismatch=1, gap=1）。
PositionWeight(
Int32, Double())按 miRNA 位置返回权重（1-based，超出表长取末端宽松值）。
HasCenterMismatch(
String, LocalHSPMatch(Of Char))切割位点（miRNA 第 10–11 位）错配 → 翻译抑制候选。
应用 psRNATarget 过滤：期望值达标，且种子区内非 G:U 错配不超过版本上限。 种子区定义：V1 = 第 2–8 位，V2 = 第 2–13 位。
Run(
FastaSeq, IEnumerable(Of FastaSeq))对一组候选 mRNA 执行预测，返回通过的命中集合。
Accessibility
靶标可及性评估器（UPE），默认关闭。
PEN_MISMATCH
基线（非种子区）错配罚分基数；G:U 半值。
SEED_MAX_MISMATCH_V2
V2 种子区（2–13）内允许的最大非 G:U 错配数。
SEED_MAX_MISMATCH_V1
V1 种子区（2–8）内允许的最大非 G:U 错配数（默认无硬性限制，设较大值）。
MaxExpectation
Version
MinHitLength
ToString()