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小RNA（miRNA/siRNA）与靶标 mRNA 的互补匹配命中结果模型。 两个算法（psRNATarget / TargetFinder）共用此结构，便于后续求交集。
siRNAHit
01 Syntax
SMRUCC.genomics.Analysis.SequenceAlignment.siRNAHit.siRNAHit
02 Methods
03 Properties
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| miRNA | 1 | 小RNA 序列唯一标识（FastaSeq.Title 或 locus_tag） |
| Target | 1 | 靶标 mRNA 序列唯一标识 |
| StartSite | 1 | mRNA 靶位点起点（1-based，对应 HSP.fromB） |
| EndSite | 1 | mRNA 靶位点终点（1-based，对应 HSP.toB） |
| Length | 1 | 靶位点长度（nt） |
| Expectation | 1 | 量化互补质量的分数： psRNATarget 为位置加权期望值（越低越好）， TargetFinder 为加权罚分总和（越低越好）。 |
| MismatchCount | 1 | 严格错配数（不含 G:U 与 gap） |
| WobbleCount | 1 | G:U wobble 配对数 |
| GapCount | 1 | 缺口（单侧凸起）数 |
| Alignment | 1 | 比对可视化字符串：miRNA 行 / mRNA 行 |
| TranslationInhibition | 1 | 是否翻译抑制候选：互补区中心（约 miRNA 第 10–11 位切割位点）存在错配时为真。 |
| Source | 1 | 产生该命中的算法来源（"psRNATarget" / "TargetFinder"） |
04 Members
FromHSP(
String, LocalHSPMatch(Of Char), String)由 SW 比对结果（已以 miRNA 反向互补为正向 query）与 miRNA 正向序列 计算逐位配对类型，并统计错配 / G:U / gap 计数，生成比对可视化串。
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
mirna | String | miRNA 正向序列（用于 position 权重定位，非比对字符） |
hsp | LocalHSPMatch(Of Char) | 最佳局部 HSP（seq1=miRNA rev-comp 片段, seq2=mRNA 片段） |
miRNA
小RNA 序列唯一标识（FastaSeq.Title 或 locus_tag）
Target
靶标 mRNA 序列唯一标识
StartSite
mRNA 靶位点起点（1-based，对应 HSP.fromB）
EndSite
mRNA 靶位点终点（1-based，对应 HSP.toB）
Length
靶位点长度（nt）
Expectation
量化互补质量的分数： psRNATarget 为位置加权期望值（越低越好）， TargetFinder 为加权罚分总和（越低越好）。
MismatchCount
严格错配数（不含 G:U 与 gap）
WobbleCount
G:U wobble 配对数
GapCount
缺口（单侧凸起）数
Alignment
比对可视化字符串：miRNA 行 / mRNA 行
TranslationInhibition
是否翻译抑制候选：互补区中心（约 miRNA 第 10–11 位切割位点）存在错配时为真。
Source
产生该命中的算法来源（"psRNATarget" / "TargetFinder"）
ToString()