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Pfam蛋白质家族注释 对应HMMER hmmsearch --domtblout 输出的一行
PfamAnnotation
01 Syntax
SMRUCC.genomics.Analysis.SequenceTools.HMMER.PfamAnnotation
02 Methods
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| ParseFromDomtblout | 1 | 从HMMER domtblout格式的一行解析PfamAnnotation domtblout格式（空格分隔）： target_name acc tlen query_name acc qlen e-value score bias # of c-Evalue i-Evalue dom_score bias hmm_start hmm_end env_s… |
| ParseFromTblout | 1 | 从HMMER --tblout格式的一行解析（简化版） |
| ToString | 1 | 返回可读的字符串表示 |
03 Properties
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| TargetName | 1 | 目标序列ID（蛋白ID） |
| TargetLength | 1 | 目标序列长度 |
| QueryName | 1 | 查询HMM名称（Pfam家族名） |
| PfamId | 1 | 查询HMM的accession（如PF00001） |
| QueryLength | 1 | 查询HMM长度 |
| EValue | 1 | E值（全序列） |
| BitScore | 1 | 比特分数（全序列） |
| DomainEValue | 1 | 域的E值 |
| DomainBitScore | 1 | 域的比特分数 |
| DomainStart | 1 | 域在目标序列中的起始位置 |
| DomainEnd | 1 | 域在目标序列中的终止位置 |
| HmmStart | 1 | 域在HMM中的起始位置 |
| HmmEnd | 1 | 域在HMM中的终止位置 |
| Description | 1 | Pfam家族描述 |
04 Members
ParseFromDomtblout(
String)从HMMER domtblout格式的一行解析PfamAnnotation domtblout格式（空格分隔）： target_name acc tlen query_name acc qlen e-value score bias # of c-Evalue i-Evalue dom_score bias hmm_start hmm_end env_start env_end acc description
ParseFromTblout(
String)从HMMER --tblout格式的一行解析（简化版）
ToString
返回可读的字符串表示
TargetName
目标序列ID（蛋白ID）
TargetLength
目标序列长度
QueryName
查询HMM名称（Pfam家族名）
PfamId
查询HMM的accession（如PF00001）
QueryLength
查询HMM长度
EValue
E值（全序列）
BitScore
比特分数（全序列）
DomainEValue
域的E值
DomainBitScore
域的比特分数
DomainStart
域在目标序列中的起始位置
DomainEnd
域在目标序列中的终止位置
HmmStart
域在HMM中的起始位置
HmmEnd
域在HMM中的终止位置
Description
Pfam家族描述