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蛋白质序列分类注释器 使用Profile HMM对蛋白质序列进行功能注释
ProteinAnnotator
01 Syntax
SMRUCC.genomics.Analysis.SequenceTools.HMMER.ProteinAnnotator
02 Methods
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| LoadModel | 1 | 加载单个HMMER3模型文件 |
| LoadModelsFromDirectory | 1 | 从目录加载所有HMMER3模型文件 |
| LoadModelContent | 1 | 加载模型内容字符串 |
| Annotate | 1 | 对单个蛋白质序列进行注释 |
| AnnotateTop | 1 | 对单个蛋白质序列进行注释 |
| AnnotateAll | 1 | 对蛋白质序列列表进行批量注释 |
| CompareSequence | 1 | 使用指定模型对序列进行比对 |
| CalculateConfidence | 1 | 计算置信度 |
03 Properties
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| EValueThreshold | 1 | 获取或设置E值阈值 |
| BitScoreThreshold | 1 | 获取或设置比特得分阈值 |
| DatabaseSize | 1 | 获取或设置数据库大小 |
| ModelCount | 1 | 获取已加载的模型数量 |
| ModelNames | 1 | 获取所有已加载的模型名称 |
04 Members
LoadModel(
String)加载单个HMMER3模型文件
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
filePath | String | 模型文件路径 |
LoadModelsFromDirectory(
String, String)从目录加载所有HMMER3模型文件
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
directoryPath | String | 目录路径 |
searchPattern | String | 文件搜索模式（默认*.hmm） |
LoadModelContent(
String)加载模型内容字符串
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
modelContent | String | 模型文本内容 |
Annotate(
FastaSeq)对单个蛋白质序列进行注释
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
protein | FastaSeq | 蛋白质序列 |
Returns
最佳注释结果
AnnotateTop(
FastaSeq)对单个蛋白质序列进行注释
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
protein | FastaSeq | 蛋白质序列 |
Returns
最佳注释结果
AnnotateAll(
IEnumerable(Of FastaSeq))对蛋白质序列列表进行批量注释
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
proteins | IEnumerable(Of FastaSeq) | 蛋白质序列列表 |
CompareSequence(
String, ProfileHMM)使用指定模型对序列进行比对
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
sequence | String | 氨基酸序列 |
model | ProfileHMM | Profile HMM模型 |
Returns
注释结果
CalculateConfidence(
Double, Double)计算置信度
EValueThreshold
获取或设置E值阈值
BitScoreThreshold
获取或设置比特得分阈值
DatabaseSize
获取或设置数据库大小
ModelCount
获取已加载的模型数量
ModelNames
获取所有已加载的模型名称