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Profile HMM模型类 表示HMMER3格式的隐马尔可夫模型
ProfileHMM
00 Remarks
Profile HMM是一种特殊的隐马尔可夫模型，专门用于蛋白质序列比对。 它包含三种状态：
- Match (M): 匹配状态，对应模型中的一个保守位置
- Insert (I): 插入状态，允许在模型位置之间插入残基
- Delete (D): 删除状态，允许跳过模型中的某个位置
每个位置有：
- 20个氨基酸的匹配发射概率
- 20个氨基酸的插入发射概率
- 7个转移概率
01 Syntax
SMRUCC.genomics.Analysis.SequenceTools.HMMER.ProfileHMM
02 Methods
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| InitializeHMMParameters | 1 | 初始化HMM参数，将HMMER3的对数几率比转换为概率 |
| LogOddsToProbability | 1 | 将对数几率比转换为概率 |
| CreateHMM | 1 | 创建标准HMM对象 |
| CalculateBitScore | 1 | 计算序列的比特得分（使用Viterbi算法） |
| GetAminoAcidIndex | 1 | 获取氨基酸在字母表中的索引 |
| GetEmissionScore | 1 | 获取匹配发射得分 |
| GetInsertEmissionScore | 1 | 获取插入发射得分 |
| GetTransitionScore | 1 | 获取转移得分 |
| CalculateEValue | 1 | 计算E值 |
03 Properties
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| Version | 1 | |
| Name | 1 | |
| Length | 1 | |
| Alphabet | 1 | |
| NumSequences | 1 | |
| EffectiveNum | 1 | |
| Checksum | 1 | |
| StatsMSV | 1 | |
| StatsViterbi | 1 | |
| StatsForward | 1 | |
| CompositionEmission | 1 | |
| CompositionInsert | 1 | |
| CompositionTransitions | 1 | |
| MatchEmissions | 1 | |
| InsertEmissions | 1 | |
| Transitions | 1 |
04 Fields
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| AA_ALPHABET | 1 |
05 Members
InitializeHMMParameters
初始化HMM参数，将HMMER3的对数几率比转换为概率
LogOddsToProbability(
Double)将对数几率比转换为概率
CreateHMM
创建标准HMM对象
Returns
HMM对象
CalculateBitScore(
String)计算序列的比特得分（使用Viterbi算法）
GetAminoAcidIndex(
Char)获取氨基酸在字母表中的索引
GetEmissionScore(
Int32, Int32)获取匹配发射得分
GetInsertEmissionScore(
Int32, Int32)获取插入发射得分
GetTransitionScore(
Int32, TransitionType)获取转移得分
CalculateEValue(
Double, Int32)计算E值
AA_ALPHABET
Version
Name
Length
Alphabet
NumSequences
EffectiveNum
Checksum
StatsMSV
StatsViterbi
StatsForward
CompositionEmission
CompositionInsert
CompositionTransitions
MatchEmissions
InsertEmissions
Transitions