Alphabet

Full name SMRUCC.genomics.Analysis.SequenceTools.SequencePatterns.Motif.EmMotif.Core.Alphabet Assembly SMRUCC.genomics.Analysis.SequenceTools.SequencePatterns.MotifFinder Members 4

01 Syntax

SMRUCC.genomics.Analysis.SequenceTools.SequencePatterns.Motif.EmMotif.Core.Alphabet

02 Methods

Name	Overloads	Summary
Encode	1	序列编码；歧义字符 → −1；空串 → 空数组 [缺陷 #13]
Decode	1	索引 → 字母；歧义（−1）返回 N（核酸）/ X（蛋白）[缺陷 #13]
Complement	1	互补碱基索引（仅核酸有效）。歧义/越界索引返回 −1，使调用方可以用「a < 0」统一判断，而不会越界崩溃 [缺陷 #6]。
Revcomp	1	反向互补（字符串形式，用于输出）

03 Members

method Encode #

Encode(String)

序列编码；歧义字符 → −1；空串 → 空数组 [缺陷 #13]

method Decode #

Decode(Int32)

索引 → 字母；歧义（−1）返回 N（核酸）/ X（蛋白）[缺陷 #13]

method Complement #

Complement(Int32)

互补碱基索引（仅核酸有效）。歧义/越界索引返回 −1，使调用方可以用「a < 0」统一判断，而不会越界崩溃 [缺陷 #6]。

method Revcomp #

Revcomp(String)

反向互补（字符串形式，用于输出）