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EmSearch
01 Syntax
SMRUCC.genomics.Analysis.SequenceTools.SequencePatterns.Motif.EmMotif.Core.EmSearch
02 Methods
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| Discover | 1 | 主入口：发现 numMotifs 个 motif（含宽度范围择优） |
| BetterThan | 1 | 同一宽度内、不同种子之间的择优：比对数似然（MEME 的做法）。 同宽度下似然可比，无需额外惩罚项。 |
| BetterAcrossWidths | 1 | [em.md §9 −minw/−maxw] 跨宽度择优：必须比 E-value，不能比原始对数似然。 不同宽度 W 的对数似然不可比：ZOOPS 的 ΣR 随 W 增大被逐列放大， OOPS 还差一个随 W 变化的 log(1/nCand) 常数项。直接按 LL 择优会 稳定选中 maxw，而不是真正的 motif 宽度 [缺陷 #10]。 E… |
| DiscoverOneWidth | 1 | 单宽度：种子生成 → 逐种子 EM → 最优 |
| ComputeBackground | 1 | order-0 背景频率（伪计数拉普拉斯平滑） |
| GenerateSeeds | 1 | [em.md §5] 种子生成（对屏蔽后的序列） |
| RunEm | 1 | 单种子完整 EM（E 步 → M 步 → 收敛）[em.md §2-4] |
| MaskSites | 1 | [em.md §7] 屏蔽 motif 位点（Z > 0.5 的窗口字母置 −1 歧义） |
03 Members
Discover
主入口：发现 numMotifs 个 motif（含宽度范围择优）
BetterThan(EmMotifResult, EmMotifResult)
同一宽度内、不同种子之间的择优：比对数似然（MEME 的做法）。 同宽度下似然可比，无需额外惩罚项。
BetterAcrossWidths(EmMotifResult, EmMotifResult)
[em.md §9 −minw/−maxw] 跨宽度择优：必须比 E-value，不能比原始对数似然。
不同宽度 W 的对数似然不可比：ZOOPS 的 ΣR 随 W 增大被逐列放大， OOPS 还差一个随 W 变化的 log(1/nCand) 常数项。直接按 LL 择优会 稳定选中 maxw，而不是真正的 motif 宽度 [缺陷 #10]。
E-value = 窗口总数 × χ²_sf(LLR, df)，其中 df = (K−1)·W 随宽度增大， 天然对过宽的模型施加惩罚；LLR 相同的情形下更宽的模型 E-value 更大。
DiscoverOneWidth(
Int32)单宽度：种子生成 → 逐种子 EM → 最优
ComputeBackground
order-0 背景频率（伪计数拉普拉斯平滑）
GenerateSeeds(
Int32)[em.md §5] 种子生成（对屏蔽后的序列）
RunEm(
Int32, Int32(), Double())单种子完整 EM（E 步 → M 步 → 收敛）[em.md §2-4]
MaskSites(EmMotifResult)
[em.md §7] 屏蔽 motif 位点（Z > 0.5 的窗口字母置 −1 歧义）