EmModel

从种子 W-mer 构建 PWM：one-hot + 伪计数 [em.md §5]。 结果：θ_{col,a} = (pc + 1[a = seed_col]) / (1 + K·pc)。

注意：列下标一律用 col，字母表大小一律用 Me.K。VB 不区分大小写， 若把列循环变量写成 K/k，会遮蔽字母表大小字段 Me.K，使内层 「For a = 0 To K - 1」退化为按列号遍历（见 CODE_REVIEW 缺陷 #1）。

单序列 E 步：返回全部候选位点的后验 Z（按模型归一化）。 revcomp：返回 (j,+) 与 (j,−) 双倍候选。

窗口 logR：Σ_k log(θ_{k,a}/θ0,a)；含歧义字母 → −∞

M 步：由全部序列的位点后验重估 PWM 与 λ [em.md §3]。

全观测对数似然 [em.md §1/§4]： OOPS : P(S_i) = bg(S_i)·(1/nCand)·Σ_c R_c ZOOPS: P(S_i) = bg(S_i)·[(1−λ) + λ·Σ_c R_c] ANR : P(S_i) = bg(S_i)·Π_j [(1−λ) + λ·Σ_strands R(j,·)]

似然只取决于模型参数（PWM θ、λ）与数据本身，与 E 步给出的后验无关， 因此这里不再接收后验列表，链模式改由调用方显式传入。 旧实现用「后验里有没有负链条目」反推是否双链，导致 EM 首轮 （后验列表为空）按单链计算、次轮起按双链计算，LL 轨迹出现假的跳变， 既破坏了单调性保证也污染了 ΔLL 收敛判据 [缺陷 #7]。

软 LLR 检验统计量 = 2·Σ Z_ij·logR_ij（χ² 近似用）

每列最大概率碱基 → 一致序列 [em.md §4 输出]。 argmax 必须遍历完整字母表（Me.K），不能只遍历到列号 [缺陷 #3]。

PWM 与旧版的最大元素变化（收敛判据之二 [em.md §4]）。 必须比较全部 W×K 个格子，不能只比较到列号 [缺陷 #4]。