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SMRUCC.genomics.Analysis.SequenceTools.SequencePatterns.MotifFinder 1.0.9753.40023.
01 Namespaces
SMRUCC.genomics.Analysis.SequenceTools.SequencePatterns.Motif
| Type | Summary | Members |
|---|---|---|
| ConsensusScanner | Find motif from the consensus sequence region | 0 |
| FullScan | Create seeds via pairwise alignment between all sequence input | 0 |
| GibbsSampler | Gibbs Sampler 是一种基于马尔可夫链蒙特卡洛（MCMC）思想的随机抽样算法，被广泛用于从一组序列中发现未知的保守 motif。其基本流程为： 假设每条输入序列中均包含一个长度为 W 的 motif 实例，算法首先在每条序列中随机选取一个长度为 W 的窗口作为 motif 位点的初始状态； 在随后每一轮迭代中，随机抽出一条序列并暂时移除，用其余… | 23 |
| GraphSeed | 8 | |
| GraphSeedTool | 1 | |
| MEMEMotifRepository | save meme motif model data inside a local directory with multiple meme text file | 0 |
| MotifSeeds | 1 | |
| MotifTree | Create motif via the clustering of the blastn alignment result | 6 |
| MSAMotif | 3 | |
| PopulatorParameter | 13 | |
| Protocol | 3 | |
| PWMDatabase | Save motif dataset inside a HDS package file | 0 |
| RunSample | 单次「多重启吉布斯采样」的执行器：从多个随机初始状态独立运行采样， 并保留其中信息含量最高的那一份位点与 motif 序列。 | 5 |
| SeedCluster | Clustering seeds using binary tree | 1 |
| TreeScan | 1 | |
| Utils | 4 | |
| Writer | 6 |
SMRUCC.genomics.Analysis.SequenceTools.SequencePatterns.Motif.EmMotif.Core
| Type | Summary | Members |
|---|---|---|
| Alphabet | 4 | |
| ChiSquare | 4 | |
| EmModel | 17 | |
| EmMotifResult | 单个 motif 的完整 EM 结果 | 14 |
| EmSearch | 8 | |
| SitePosterior | E 步输出：一个候选位点（位置 j、链、后验 Z、logR） | 4 |
SMRUCC.genomics.Analysis.SequenceTools.SequencePatterns.Motif.Matrix
| Type | Summary | Members |
|---|---|---|
| MotifMatrix | 5 | |
| SequenceMatrix | 5 | |
| WeightMatrix | 2 |