MSAMotif

Full name SMRUCC.genomics.Analysis.SequenceTools.SequencePatterns.Motif.MSAMotif Assembly SMRUCC.genomics.Analysis.SequenceTools.SequencePatterns.MotifFinder Members 3

00 Remarks

a sub-class of MSAOutput.

01 Syntax

SMRUCC.genomics.Analysis.SequenceTools.SequencePatterns.Motif.MSAMotif

02 Properties

Name	Overloads	Summary
rank	1	在 GibbsSampler.findTopN()) 的迭代式发现过程之中的发现序号，从 1 开始编号。
evalue	1	motif 显著性的估计值（越小越显著），由 GibbsSampler.findTopN()) 在阈值判定之中填充。注意这是一个启发式的保守估计（基于全 motif 信息量 bits 之和折算），并不是严格意义上的 Karlin-Altschul E-value。
alphabets	1	usually be the ACGT

03 Members

property rank #

rank

在 GibbsSampler.findTopN() 的迭代式发现过程之中的发现序号，从 1 开始编号。

property evalue #

evalue

motif 显著性的估计值（越小越显著），由 GibbsSampler.findTopN() 在阈值判定之中填充。

注意这是一个启发式的保守估计（基于全 motif 信息量 bits 之和折算），并不是严格意义上的 Karlin-Altschul E-value。

property alphabets #

alphabets

usually be the ACGT