SinkBuilder

Full name SMRUCC.genomics.Model.Metabolic.RouterAdapter.Data.SinkBuilder Assembly SMRUCC.genomics.Model.Metabolic.RouterAdapter Members 3

01 Syntax

SMRUCC.genomics.Model.Metabolic.RouterAdapter.Data.SinkBuilder

02 Methods

Name	Overloads	Summary
Build	1	构建汇集合。
Normalize	1	名称归一化：转小写并去掉所有非字母数字字符，使 "Acetyl-CoA"、"acetyl coa"、"ACETYL-COA" 归一到同一形式。
MatchesName	1	化合物的 id / 名称 / 同义名中是否有任一项命中归一化名称白名单。

03 Members

method Build #

Build(Dictionary(Of String, CompoundStructure), Dictionary(Of String, Int32), SinkModes, Int32, IEnumerable(Of String), IEnumerable(Of String))

构建汇集合。

Parameters

Name	Type	Description
`structures`	`Dictionary(Of String, CompoundStructure)`	compound id → 已净化结构。
`degrees`	`Dictionary(Of String, Int32)`	compound id → 在反应中出现的总次数（可用 CompoundIndex.DegreeOf() 计算）。
`mode`	SinkModes	Core / All。
`coreDegree`	`Int32`	Core 模式下判定"枢纽代谢物"的最少反应出现次数。
`idWhitelist`	`IEnumerable(Of String)`	按 id 精确匹配的白名单（大小写不敏感）。
`nameWhitelist`	`IEnumerable(Of String)`	按 id/名称/同义名归一化匹配的白名单（大小写、连字符、空格不敏感），跨数据库可移植。

Returns

汇集合，每项为 (化合物 id, 净化后的 SMILES)，按 id 排序。

method Normalize #

Normalize(String)

名称归一化：转小写并去掉所有非字母数字字符，使 "Acetyl-CoA"、"acetyl coa"、"ACETYL-COA" 归一到同一形式。

method MatchesName #

MatchesName(CompoundStructure, HashSet(Of String))

化合物的 id / 名称 / 同义名中是否有任一项命中归一化名称白名单。