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SmilesSanitizer
01 Syntax
SMRUCC.genomics.Model.Metabolic.RouterAdapter.Data.SmilesSanitizer
02 Methods
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| IsSupportedElement | 1 | 该元素是否可被 RetroPath 的分子模型表达 |
| Sanitize | 1 | 剔除立体/构型标记（/ \ @），返回可交给 SmilesIO.Parse 的 SMILES。 含 %nn 环号或通配 * 的串无法净化，返回 Nothing。 |
| IsSupportedBracketAtom | 1 | 括号原子内容是否可被 RetroPath 的分子模型正确表达。 必须整体匹配（而非前缀匹配），否则 [Cr+3] / [Fe-2] / [a protein] 会被误读。 |
| TryParse | 2 | 净化 + 解析 + 原子数上限 + 元素白名单；任一环节失败返回 False |
03 Fields
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| supportedElements | 1 | RetroPath 分子模型所支持的元素集合（超出该集合的化合物一律跳过） |
| BracketAtom | 1 | 匹配 SMILES 里的括号原子 [...] |
| AtomBody | 1 | 合法括号原子的模式：白名单元素 + 可选显式氢 + 可选电荷 |
04 Members
IsSupportedElement(
String)该元素是否可被 RetroPath 的分子模型表达
Sanitize(
String, String)剔除立体/构型标记（/ \ @），返回可交给 SmilesIO.Parse 的 SMILES。 含 %nn 环号或通配 * 的串无法净化，返回 Nothing。
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
raw | String | 原始 SMILES。 |
reason | String | 无法净化时返回原因。 |
Returns
净化后的 SMILES；不可用时返回 Nothing。
IsSupportedBracketAtom(
String)括号原子内容是否可被 RetroPath 的分子模型正确表达。 必须整体匹配（而非前缀匹配），否则 [Cr+3] / [Fe-2] / [a protein] 会被误读。
TryParse(
String, Molecule, Int32, String)净化 + 解析 + 原子数上限 + 元素白名单；任一环节失败返回 False
TryParse(
String, String, Molecule, Int32, String)净化 + 解析 + 原子数上限 + 元素白名单；任一环节失败返回 False。 smiles 返回净化后的 SMILES（可直接用于汇集合/写出）； reason 失败原因（用于装配诊断统计）。
supportedElements
RetroPath 分子模型所支持的元素集合（超出该集合的化合物一律跳过）
BracketAtom
匹配 SMILES 里的括号原子 [...]
AtomBody
合法括号原子的模式：白名单元素 + 可选显式氢 + 可选电荷